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PDBバージョニングシステムにより、公開済みPDBエントリーに対して、同じPDBアクセションコードを保持したまま座標の更新ができるようになりました。

登録者は既存のエントリーについて座標を差し替えできます。 当面はこの機能は、2014年に導入されたOneDepシステムから登録されたPDBエントリーに限定されます。 将来的には、レガシーシステム(ADITやAutodep等)で登録されたエントリーについても拡張する予定です。時期については今後発表する予定です。

登録者はまず、該当のエントリーについて、OneDepのコミュニケーションパネルから、変更したい旨を連絡する必要があります。 新しい座標の登録後、wwPDBのバイオキュレータが再処理を行い、新しいバージョンが公開されます。 PDBエントリーのバージョニングは、座標等の変更に限定され、登録済みの実験データへの変更は行えません。 座標の変更は、年間に1エントリー当たり1回まで、一人の研究責任者(PI)に対して3件のエントリーまで、という制限があります。

各エントリーの最新のバージョンは、メインPDBアーカイブのFTPサイト(ftp.pdbj.org [PDBj]/ ftp.wwpdb.org [wwPDB])で公開されます。 全てのメジャーバージョンのPDB構造ファイルは、バージョン化アーカイブ(ftp-versioned.pdbj.org [PDBj]/ ftp-versioned.wwpdb.org [wwPDB])に保管されます。 詳細は、wwPDBウェブサイトをご覧ください。 バージョン化アーカイブの構造は、将来のPDBアクセションコードの拡張を想定したものとなっています。 そのためPDBエントリー1abcのファイルは、pdb_00001abcというフォルダ内に配置されています。

バージョニング管理の中でエントリーに行われる変更は、「メジャー」又は「マイナー」のどちらかに分類されます。 原子座標やポリマー配列、化合物等の化学的な表現に更新があると、メジャーバージョンが一つ増えることになります。 他の変更は「マイナー」バージョンの更新になります。 バージョン化の中で行われた変更はすべて、PDBx/mmCIFファイルのauditカテゴリに記録されます。

PDBバージョニングについて何かご質問がございましたら、wwPDB(deposit-help@mail.wwpdb.org)まで、英語でお問い合わせください。

[ wwPDB News ]

作成日: 2019-08-01 (最終更新日: 4 months ago)2019-08-08