[日本語] English
- PDB-7c8d: Cryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7c8d
タイトルCryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBD
要素
  • Angiotensin-converting enzyme 2アンジオテンシン変換酵素2
  • Spike protein S1
キーワードHYDROLASE/VIRAL PROTEIN / ACE2 (アンジオテンシン変換酵素2) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Cryo-EM (低温電子顕微鏡法) / complex / PROTEIN BINDING (タンパク質) / HYDROLASE-VIRAL PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


アンジオテンシン変換酵素2 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / carboxypeptidase activity / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / 小胞小管クラスター / metallopeptidase activity / viral translation / virus receptor activity ...アンジオテンシン変換酵素2 / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; 金属プロテアーゼ / carboxypeptidase activity / suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / 小胞小管クラスター / metallopeptidase activity / viral translation / virus receptor activity / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / endocytic vesicle membrane / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / suppression by virus of host type I interferon-mediated signaling pathway / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / viral entry into host cell / go:0009405: / 小胞体 / host cell plasma membrane / virion membrane / 細胞膜 / extracellular space / integral component of membrane / identical protein binding / 細胞膜 / metal ion binding / 細胞質
Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / アンジオテンシン変換酵素 / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike receptor binding domain superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Collectrin domain ...Betacoronavirus spike glycoprotein S1, receptor binding / アンジオテンシン変換酵素 / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike receptor binding domain superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Collectrin domain / in:ipr027400: / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Peptidase M2, peptidyl-dipeptidase A
スパイクタンパク質 / アンジオテンシン変換酵素2
生物種Felis catus (イエネコ)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Gao, G.F. / Wang, Q.H. / Wu, L.l.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号
Chinese Academy of SciencesXDB29010202 中国
引用ジャーナル: Cell Discov / : 2020
タイトル: Broad host range of SARS-CoV-2 and the molecular basis for SARS-CoV-2 binding to cat ACE2.
著者: Lili Wu / Qian Chen / Kefang Liu / Jia Wang / Pengcheng Han / Yanfang Zhang / Yu Hu / Yumin Meng / Xiaoqian Pan / Chengpeng Qiao / Siyu Tian / Pei Du / Hao Song / Weifeng Shi / Jianxun Qi / ...著者: Lili Wu / Qian Chen / Kefang Liu / Jia Wang / Pengcheng Han / Yanfang Zhang / Yu Hu / Yumin Meng / Xiaoqian Pan / Chengpeng Qiao / Siyu Tian / Pei Du / Hao Song / Weifeng Shi / Jianxun Qi / Hong-Wei Wang / Jinghua Yan / George Fu Gao / Qihui Wang /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the causative agent of the recent pandemic COVID-19, is reported to have originated from bats, with its intermediate host unknown to date. ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), the causative agent of the recent pandemic COVID-19, is reported to have originated from bats, with its intermediate host unknown to date. Here, we screened 26 animal counterparts of the human ACE2 (hACE2), the receptor for SARS-CoV-2 and SARS-CoV, and found that the ACE2s from various species, including pets, domestic animals and multiple wild animals, could bind to SARS-CoV-2 receptor binding domain (RBD) and facilitate the transduction of SARS-CoV-2 pseudovirus. Comparing to SARS-CoV-2, SARS-CoV seems to have a slightly wider range in choosing its receptor. We further resolved the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the cat ACE2 (cACE2) in complex with the SARS-CoV-2 RBD at a resolution of 3 Å, revealing similar binding mode as hACE2 to the SARS-CoV-2 RBD. These results shed light on pursuing the intermediate host of SARS-CoV-2 and highlight the necessity of monitoring susceptible hosts to prevent further outbreaks.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2020年5月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-30305
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Angiotensin-converting enzyme 2
B: Spike protein S1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,0723
ポリマ-107,0062
非ポリマー651
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551
Buried area2020 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area33420 Å2

-
要素

#1: タンパク質 Angiotensin-converting enzyme 2 / アンジオテンシン変換酵素2 / ACE-related carboxypeptidase


分子量: 85132.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Felis catus (イエネコ) / 遺伝子: ACE2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q56H28, アンジオテンシン変換酵素2
#2: タンパク質 Spike protein S1 / S glycoprotein / E2 / Peplomer protein


分子量: 21873.496 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: S, 2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P0DTC2
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION / 亜鉛


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1Cryo-EM structure of cat ACE2 and SARS-CoV-2 RBDCOMPLEX#1-#20MULTIPLE SOURCES
2cat ACE2COMPLEX#11MULTIPLE SOURCES
3SARS-CoV-2 RBDCOMPLEX#21MULTIPLE SOURCES
由来(天然)生物種: Felis catus (イエネコ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: NO

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影
ID撮影-ID電子線照射量 (e/Å2)フィルム・検出器のモデル
1150GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
2150GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

-
解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: NONE
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 195370 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
精密化-IDタイプDev ideal
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0036539
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.4818889
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d20.728862
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04936
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0041146

+
万見について

-
お知らせ

-
2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

-
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

+
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る