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- PDB-7aqk: Model of the actin filament Arp2/3 complex branch junction in cells -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7aqk
タイトルModel of the actin filament Arp2/3 complex branch junction in cells
要素
  • (Actin-related protein ...) x 7
  • Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1アクチン
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / Actin (アクチン) / Arp2-3 complex / Cytoskeleton (細胞骨格)
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 9 Å
データ登録者Faessler, F. / Dimchev, G. / Hodirnau, V.V. / Wan, W. / Schur, F.K.M.
資金援助 オーストリア, 1件
組織認可番号
Austrian Science FundP33367 オーストリア
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2020
タイトル: Cryo-electron tomography structure of Arp2/3 complex in cells reveals new insights into the branch junction.
著者: Florian Fäßler / Georgi Dimchev / Victor-Valentin Hodirnau / William Wan / Florian K M Schur /
要旨: The actin-related protein (Arp)2/3 complex nucleates branched actin filament networks pivotal for cell migration, endocytosis and pathogen infection. Its activation is tightly regulated and involves ...The actin-related protein (Arp)2/3 complex nucleates branched actin filament networks pivotal for cell migration, endocytosis and pathogen infection. Its activation is tightly regulated and involves complex structural rearrangements and actin filament binding, which are yet to be understood. Here, we report a 9.0 Å resolution structure of the actin filament Arp2/3 complex branch junction in cells using cryo-electron tomography and subtomogram averaging. This allows us to generate an accurate model of the active Arp2/3 complex in the branch junction and its interaction with actin filaments. Notably, our model reveals a previously undescribed set of interactions of the Arp2/3 complex with the mother filament, significantly different to the previous branch junction model. Our structure also indicates a central role for the ArpC3 subunit in stabilizing the active conformation.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2020年10月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-11869
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-11869
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
b: Actin-related protein 2, Arp2
a: Actin-related protein 3, Arp3
c: Actin-related protein 2/3 complex subunit 1b, ArpC1b
d: Actin-related protein 2/3 complex subunit 2, ArpC2
e: Actin-related protein 2/3 complex subunit 3, ArpC3
f: Actin-related protein 2/3 complex subunit 4, ArpC4
g: Actin-related protein 2/3 complex subunit 5, ArpC5
h: Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1
i: Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1
j: Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1
k: Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1
l: Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1
m: Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1
n: Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1
o: Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1
p: Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1
q: Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1
r: Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)687,29718
ポリマ-687,29718
非ポリマー00
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

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Actin-related protein ... , 7種, 7分子 bacdefg

#1: タンパク質 Actin-related protein 2, Arp2


分子量: 44818.711 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they ...詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they were fit into a mouse structure.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: NIH-3T3
#2: タンパク質 Actin-related protein 3, Arp3


分子量: 47428.031 Da / 分子数: 1 / Mutation: From Bos taurus to Mus Musculus I259V / 由来タイプ: 天然
詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they ...詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they were fit into a mouse structure.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: NIH-3T3
#3: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 1b, ArpC1b


分子量: 41016.738 Da / 分子数: 1
Mutation: From Bos taurus to Mus Musculus V43N, Q44K, V58I, D63E, K109N, S154N, N213S, A229V, S256N, S274N, G277V, K278T, L296M, S313G, A216T, R360K
由来タイプ: 天然
詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they ...詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they were fit into a mouse structure.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: NIH-3T3
#4: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 2, ArpC2


分子量: 34402.043 Da / 分子数: 1 / Mutation: From Bos taurus to Mus Musculus Y84F, S90P / 由来タイプ: 天然
詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they ...詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they were fit into a mouse structure.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: NIH-3T3
#5: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 3, ArpC3


分子量: 20572.666 Da / 分子数: 1 / Mutation: From Bos taurus to Mus Musculus I24L / 由来タイプ: 天然
詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they ...詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they were fit into a mouse structure.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: NIH-3T3
#6: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 4, ArpC4


分子量: 19697.047 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they ...詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they were fit into a mouse structure.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: NIH-3T3
#7: タンパク質 Actin-related protein 2/3 complex subunit 5, ArpC5


分子量: 16295.317 Da / 分子数: 1 / Mutation: From Bos taurus to Mus Musculus D28E / 由来タイプ: 天然
詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they ...詳細: As models derived from Bos taurus Arp2/3 complexes have been used for fitting, also the Bos taurus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they were fit into a mouse structure.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: NIH-3T3

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タンパク質 , 1種, 11分子 hijklmnopqr

#8: タンパク質
Actin, alpha skeletal muscle, ACTA1 / アクチン


分子量: 42096.953 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 天然
詳細: As models derived from Oryctolagus cuniculus actin have been used for fitting, also the Oryctolagus cuniculus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even ...詳細: As models derived from Oryctolagus cuniculus actin have been used for fitting, also the Oryctolagus cuniculus sequence (as well as the corresponding UniProt identifier) is given here, even though they were fit into a mouse structure.
由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株: NIH-3T3

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: サブトモグラム平均法

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試料調製

構成要素名称: Actin Filament Arp2/3 Complex Branch Junction / タイプ: CELL
詳細: Structure obtained from the actin network of extracted and fixed mouse fibroblast lamellipodia
Entity ID: #1-#8 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞内の位置: Lamellipodium
緩衝液pH: 6.1 / 詳細: Adjust to pH 6.1 using NaOH
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
110 mMMES1
2150 mMsodium chloride塩化ナトリウム1
35 mMEGTA1
45 mMGlucoseグルコース1
55 mMMagnesium chloride1
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: After glow discharging of the grid and prior to the seeding of cells, the grid was coated using 25ug/ml Fibronectin
グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE / 湿度: 80 % / 凍結前の試料温度: 277 K
詳細: Leica GP2, 3,5sec back-blotting, sensor on, 0,1mm movement after contact, manually pre-blotted within the chamber prior to the application of fiducials

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 42000 X / 最大 デフォーカス(公称値): -5.5 nm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.75 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm / アライメント法: ZEMLIN TABLEAU
試料ホルダ冷却剤: NITROGEN / モデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均照射時間: 1.21 sec. / 電子線照射量: 2.79 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
詳細: Images were collected in movie-mode at 7 frames per tilt
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Dynamo1.133volume selection
2Warp1.07volume selection
3SerialEM画像取得
5Warp1.07CTF補正
8UCSF Chimera1.13.1モデルフィッティング
11RELION3.0.9最終オイラー角割当
12RELION3.0.9分類
13RELION3.0.93次元再構成
14ISOLDE1.0b5モデル精密化
15Coot0.8.9.3モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14296
詳細: Final reconstruction in RELION was performed after Multiple particle refinement in M version 1.0.9.
クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
EM volume selection手法: Template Matching
詳細: After first classification in Dynamo and re-extraction in Warp 17,146 subvolumes remained.
Num. of tomograms: 131 / Num. of volumes extracted: 39300
Reference model: Reference generated from manually selected particles
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築
IDPDB-IDPDB chain-ID3D fitting-IDPdb chain residue range
11TYQA12-39
21TYQA152-353
31TYQA1360-418
41TYQB1151-345
51TYQC11-288
61TYQC1319-372
71TYQD11-208
81TYQD1217-281
91TYQE12-150
101TYQE1155-174
111TYQF13-168
121TYQG136-151
134JD2B14-150
144JD2B1346-387
151K8KC1297-309
166T20A15-375
176T20B15-375
186T20C15-375
196T20D15-375
206T20E15-375

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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