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- PDB-6zp4: SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome compl... -

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登録情報
データベース: PDB / ID: 6zp4
タイトルSARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 2
要素
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • (Eukaryotic translation initiation factor ...) x 16
  • 18S ribosomal RNA
  • 60S ribosomal protein L41
  • Non-structural protein 1
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • Unknown factor
  • tRNA転移RNA
キーワードVIRAL PROTEIN / Translational Inhibition / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Immune Evasion / Human Ribosome (リボソーム)
機能・相同性
機能・相同性情報


male germ cell proliferation / translation initiation ternary complex / glial limiting end-foot / cap-dependent translational initiation / viral translational termination-reinitiation / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / negative regulation of translational initiation in response to stress / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / positive regulation of mRNA binding ...male germ cell proliferation / translation initiation ternary complex / glial limiting end-foot / cap-dependent translational initiation / viral translational termination-reinitiation / response to manganese-induced endoplasmic reticulum stress / positive regulation of type B pancreatic cell apoptotic process / negative regulation of translational initiation in response to stress / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / positive regulation of mRNA binding / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / mRNA cap binding / eukaryotic translation initiation factor 2 complex / IRES-dependent viral translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 2B complex / deubiquitinase activity / translation factor activity, RNA binding / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / cytoplasmic translational initiation / eukaryotic 43S preinitiation complex / PERK-mediated unfolded protein response / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of guanyl-nucleotide exchange factor activity / nucleolus organization / protein tyrosine kinase inhibitor activity / mammalian oogenesis stage / protein-synthesizing GTPase / positive regulation of gastrulation / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / response to extracellular stimulus / negative regulation of RNA splicing / IRE1-RACK1-PP2A complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / formation of translation preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / ubiquitin ligase inhibitor activity / laminin receptor activity / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / regulation of cell division / activation-induced cell death of T cells / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron death / negative regulation of DNA repair / oxidized pyrimidine DNA binding / response to TNF agonist / positive regulation of DNA N-glycosylase activity / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / positive regulation of ceramide biosynthetic process / erythrocyte homeostasis / regulation of translational initiation / NF-kappaB complex / negative regulation of phagocytosis / regulation of establishment of cell polarity / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / signaling adaptor activity / oxidized purine DNA binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / protein kinase A binding / positive regulation of mitochondrial depolarization / supercoiled DNA binding / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / phagocytic cup / ion channel inhibitor activity / negative regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of apoptotic signaling pathway / erythrocyte development / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / iron-sulfur cluster binding / MTOR / positive regulation of cellular component movement / fibroblast growth factor binding / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / rescue of stalled ribosome / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / poly(U) RNA binding / stress granule assembly / monocyte chemotaxis / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / T cell proliferation involved in immune response / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / BH3 domain binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / positive regulation of activated T cell proliferation / GABA-ergic synapse / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / ribosomal small subunit export from nucleus / ribosomal small subunit binding / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / maturation of SSU-rRNA / regulation of translational fidelity
Ribosomal protein S24e / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / WD40-repeat-containing domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Armadillo-type fold ...Ribosomal protein S24e / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Translation initiation factor IF2/IF5, zinc-binding / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / WD40-repeat-containing domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Armadillo-type fold / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S19e, conserved site / Translation initiation factor IF2/IF5, N-terminal / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / Ribosomal protein S3, conserved site / Translation initiation factor, beta propellor-like domain / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Peptidase C16, coronavirus / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S6, eukaryotic / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein L2, domain 2 / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus-like / Initiation factor eIF2 gamma, C-terminal / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Nonstructural protein 13, zinc-binding domain, coronavirus-like / Ribosomal protein S7 domain / Translation initiation factor 2, alpha subunit, middle domain superfamily / Translation initiation factor 2, alpha subunit, C-terminal / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Rpn11/EIF3F, C-terminal / (+) RNA virus helicase core domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S2, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 40S ribosomal protein SA / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S15P / Ribosomal protein S6e, conserved site / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S8e, conserved site / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / Translation initiation factor 3 complex subunit L / WD40 repeat, conserved site / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / G-protein beta WD-40 repeat / RNA-binding domain, S1 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S7, conserved site / Ribosomal protein S19 conserved site / Ribosomal protein S8e/ribosomal biogenesis NSA2 / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Ribosomal protein S4/S9 / Nucleic acid-binding, OB-fold / Translation initiation factor 2, alpha subunit / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / WD40リピート / Ribosomal protein S17e / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S10 / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S13 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S21e / SUI1 domain / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S8e / Macro domain / Ribosomal protein S15
Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / gb:337376: / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / 40S ribosomal protein S3a / 40S ribosomal protein S20 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal / 40S ribosomal protein S10 / 40S ribosomal protein S5 ...Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / gb:337376: / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / 40S ribosomal protein S3a / 40S ribosomal protein S20 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal / 40S ribosomal protein S10 / 40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein S9 / 40S ribosomal protein S27 / Eukaryotic translation initiation factor 1 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S3 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2 / 40S ribosomal protein S2 / Replicase polyprotein 1ab / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein S17 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S15a / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / 40S ribosomal protein S26 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Receptor of activated protein C kinase 1 / 40S ribosomal protein S21 / Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / 60S ribosomal protein L41 / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S28 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S16 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S15 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S4, X isoform / 40S ribosomal protein S11 / 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S23 / 40S ribosomal protein S14 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
生物種Homo sapiens (ヒト)
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Thoms, M. / Buschauer, R. / Ameismeier, M. / Denk, T. / Kratzat, H. / Mackens-Kiani, T. / Cheng, J. / Berninghausen, O. / Becker, T. / Beckmann, R.
資金援助 ドイツ, 3件
組織認可番号
German Research Foundation (DFG)SFB/TRR-174 ドイツ
German Research Foundation (DFG)BE1814/15-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)BE1814/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Science / : 2020
タイトル: Structural basis for translational shutdown and immune evasion by the Nsp1 protein of SARS-CoV-2.
著者: Matthias Thoms / Robert Buschauer / Michael Ameismeier / Lennart Koepke / Timo Denk / Maximilian Hirschenberger / Hanna Kratzat / Manuel Hayn / Timur Mackens-Kiani / Jingdong Cheng / Jan H ...著者: Matthias Thoms / Robert Buschauer / Michael Ameismeier / Lennart Koepke / Timo Denk / Maximilian Hirschenberger / Hanna Kratzat / Manuel Hayn / Timur Mackens-Kiani / Jingdong Cheng / Jan H Straub / Christina M Stürzel / Thomas Fröhlich / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Frank Kirchhoff / Konstantin M J Sparrer / Roland Beckmann /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the current coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. A major virulence factor of SARS-CoVs is the ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the current coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. A major virulence factor of SARS-CoVs is the nonstructural protein 1 (Nsp1), which suppresses host gene expression by ribosome association. Here, we show that Nsp1 from SARS-CoV-2 binds to the 40 ribosomal subunit, resulting in shutdown of messenger RNA (mRNA) translation both in vitro and in cells. Structural analysis by cryo-electron microscopy of in vitro-reconstituted Nsp1-40 and various native Nsp1-40 and -80 complexes revealed that the Nsp1 C terminus binds to and obstructs the mRNA entry tunnel. Thereby, Nsp1 effectively blocks retinoic acid-inducible gene I-dependent innate immune responses that would otherwise facilitate clearance of the infection. Thus, the structural characterization of the inhibitory mechanism of Nsp1 may aid structure-based drug design against SARS-CoV-2.
構造検証レポート
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履歴
登録2020年7月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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集合体

登録構造単位
a: 40S ribosomal protein SA
p: 40S ribosomal protein S3a
d: 40S ribosomal protein S2
Q: 40S ribosomal protein S26
q: 40S ribosomal protein S4, X isoform
W: 60S ribosomal protein L41
r: 40S ribosomal protein S6
s: 40S ribosomal protein S7
t: 40S ribosomal protein S8
c: 40S ribosomal protein S9
n: 40S ribosomal protein S11
m: 40S ribosomal protein S13
y: 40S ribosomal protein S21
D: 40S ribosomal protein S15a
z: 40S ribosomal protein S24
R: 40S ribosomal protein S27
T: 40S ribosomal protein S30
2: 18S ribosomal RNA
w: 40S ribosomal protein S17
b: 40S ribosomal protein S3
e: 40S ribosomal protein S5
u: 40S ribosomal protein S10
v: 40S ribosomal protein S12
o: 40S ribosomal protein S15
g: 40S ribosomal protein S16
k: 40S ribosomal protein S18
x: 40S ribosomal protein S19
h: 40S ribosomal protein S20
P: 40S ribosomal protein S25
S: 40S ribosomal protein S28
l: 40S ribosomal protein S29
U: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
V: Receptor of activated protein C kinase 1
i: 40S ribosomal protein S14
j: 40S ribosomal protein S23
G: Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal
I: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
B: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
A: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
C: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
E: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
F: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
H: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
K: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
L: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
M: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
N: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
X: Unknown factor
1: tRNA
4: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2
O: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1
Y: Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3
Z: Eukaryotic translation initiation factor 1
J: Non-structural protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,160,44160
ポリマ-2,159,63154
非ポリマー8096
0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

-
要素

+
40S ribosomal protein ... , 31種, 31分子 apdQqrstcnmyDzRTwbeuvogkxhPSlij

#1: タンパク質 40S ribosomal protein SA / リボソームタンパク質SA / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Colon carcinoma laminin-binding protein / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40 / Multidrug resistance-associated protein MGr1-Ag / NEM/1CHD4 / Small ribosomal subunit protein uS2


分子量: 32883.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08865
#2: タンパク質 40S ribosomal protein S3a / / Small ribosomal subunit protein eS1 / v-fos transformation effector protein / Fte-1


分子量: 30002.061 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61247
#3: タンパク質 40S ribosomal protein S2 / / 40S ribosomal protein S4 / Protein LLRep3 / Small ribosomal subunit protein uS5


分子量: 31376.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P15880
#4: タンパク質 40S ribosomal protein S26 / / Small ribosomal subunit protein eS26


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62854
#5: タンパク質 40S ribosomal protein S4, X isoform / リボソーム / SCR10 / Single copy abundant mRNA protein / Small ribosomal subunit protein eS4


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62701
#7: タンパク質 40S ribosomal protein S6 / / Phosphoprotein NP33 / Small ribosomal subunit protein eS6


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62753
#8: タンパク質 40S ribosomal protein S7 / / Small ribosomal subunit protein eS7


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62081
#9: タンパク質 40S ribosomal protein S8 / / Small ribosomal subunit protein eS8


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62241
#10: タンパク質 40S ribosomal protein S9 / / Small ribosomal subunit protein uS4


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46781
#11: タンパク質 40S ribosomal protein S11 / / Small ribosomal subunit protein uS17


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62280
#12: タンパク質 40S ribosomal protein S13 / / Small ribosomal subunit protein uS15


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62277
#13: タンパク質 40S ribosomal protein S21 / / Small ribosomal subunit protein eS21


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63220
#14: タンパク質 40S ribosomal protein S15a / / Small ribosomal subunit protein uS8


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62244
#15: タンパク質 40S ribosomal protein S24 / / Small ribosomal subunit protein eS24


分子量: 15463.333 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62847
#16: タンパク質 40S ribosomal protein S27 / / Metallopan-stimulin 1 / MPS-1 / Small ribosomal subunit protein eS27


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P42677
#17: タンパク質 40S ribosomal protein S30 / / Small ribosomal subunit protein eS30


分子量: 6668.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62861
#19: タンパク質 40S ribosomal protein S17 / / Small ribosomal subunit protein eS17


分子量: 15578.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08708
#20: タンパク質 40S ribosomal protein S3 / / Small ribosomal subunit protein uS3


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P23396, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#21: タンパク質 40S ribosomal protein S5 / / Small ribosomal subunit protein uS7


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46782
#22: タンパク質 40S ribosomal protein S10 / / Small ribosomal subunit protein eS10


分子量: 18933.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P46783
#23: タンパク質 40S ribosomal protein S12 / / Small ribosomal subunit protein eS12


分子量: 14538.987 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25398
#24: タンパク質 40S ribosomal protein S15 / / RIG protein / Small ribosomal subunit protein uS19


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62841
#25: タンパク質 40S ribosomal protein S16 / / Small ribosomal subunit protein uS9


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62249
#26: タンパク質 40S ribosomal protein S18 / / Ke-3 / Ke3 / Small ribosomal subunit protein uS13


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62269
#27: タンパク質 40S ribosomal protein S19 / / Small ribosomal subunit protein eS19


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P39019
#28: タンパク質 40S ribosomal protein S20 / / Small ribosomal subunit protein uS10


分子量: 13398.763 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60866
#29: タンパク質 40S ribosomal protein S25 / / Small ribosomal subunit protein eS25


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62851
#30: タンパク質 40S ribosomal protein S28 / / Small ribosomal subunit protein eS28


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62857
#31: タンパク質 40S ribosomal protein S29 / / Small ribosomal subunit protein uS14


分子量: 6690.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62273
#34: タンパク質 40S ribosomal protein S14 / / Small ribosomal subunit protein uS11


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62263
#35: タンパク質 40S ribosomal protein S23 / / Small ribosomal subunit protein uS12


分子量: 15844.666 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62266

+
タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 W

#6: タンパク質・ペプチド 60S ribosomal protein L41 / / HG12 / Large ribosomal subunit protein eL41


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62945

+
RNA鎖 , 2種, 2分子 21

#18: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 602432.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: GenBank: 337376
#49: RNA鎖 tRNA / 転移RNA


分子量: 24215.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

+
タンパク質 , 4種, 4分子 UVXJ

#32: タンパク質 Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / Ubiquitin carboxyl extension protein 80


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62979
#33: タンパク質 Receptor of activated protein C kinase 1 / Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2- ...Cell proliferation-inducing gene 21 protein / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-like protein 12.3 / Human lung cancer oncogene 7 protein / HLC-7 / Receptor for activated C kinase / Small ribosomal subunit protein RACK1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P63244
#48: タンパク質 Unknown factor


分子量: 5562.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#54: タンパク質 Non-structural protein 1 / pp1ab / ORF1ab polyprotein / Non-structural protein 1


分子量: 19801.287 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase, ...参照: UniProt: P0DTD1, ubiquitinyl hydrolase 1, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, SARS coronavirus main proteinase, RNA依存性RNAポリメラーゼ, ヘリカーゼ, ヘリカーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

+
Eukaryotic translation initiation factor ... , 16種, 16分子 GIBACEFHKLMN4OYZ

#36: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 1A, X-chromosomal / eIF-1A X isoform / Eukaryotic translation initiation factor 4C / eIF-4C


分子量: 16488.449 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P47813
#37: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / eIF3i / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 2 / TGF-beta receptor-interacting ...eIF3i / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 2 / TGF-beta receptor-interacting protein 1 / TRIP-1 / eIF-3-beta / eIF3 p36


分子量: 36543.773 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13347
#38: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / eIF3b / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 9 / Prt1 homolog / hPrt1 / eIF-3-eta / ...eIF3b / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 9 / Prt1 homolog / hPrt1 / eIF-3-eta / eIF3 p110 / eIF3 p116


分子量: 92593.414 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P55884
#39: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 10 / eIF-3-theta / eIF3 p167 / eIF3 p180 ...eIF3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 10 / eIF-3-theta / eIF3 p167 / eIF3 p180 / eIF3 p185


分子量: 166903.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14152
#40: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / eIF3c / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 8 / eIF3 p110


分子量: 105503.945 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q99613
#41: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / eIF3e / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6 / Viral integration site protein INT-6 ...eIF3e / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6 / Viral integration site protein INT-6 homolog / eIF-3 p48


分子量: 52281.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P60228
#42: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / eIF3f / Deubiquitinating enzyme eIF3f / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 5 / eIF- ...eIF3f / Deubiquitinating enzyme eIF3f / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 5 / eIF-3-epsilon / eIF3 p47


分子量: 37593.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O00303, ubiquitinyl hydrolase 1
#43: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / eIF3h / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 3 / eIF-3-gamma / eIF3 p40 subunit


分子量: 39979.277 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15372
#44: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / eIF3k / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 12 / Muscle-specific gene M9 protein / ...eIF3k / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 12 / Muscle-specific gene M9 protein / PLAC-24 / eIF-3 p25 / eIF-3 p28


分子量: 25083.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBQ5
#45: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / eIF3l / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6-interacting protein / Eukaryotic ...eIF3l / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 6-interacting protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E-interacting protein


分子量: 66803.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y262
#46: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / eIF3m / Fetal lung protein B5 / hFL-B5 / PCI domain-containing protein 1


分子量: 42555.832 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q7L2H7
#47: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / eIF3d / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit 7 / eIF-3-zeta / eIF3 p66


分子量: 64060.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15371
#50: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 2 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit beta / eIF-2-beta


分子量: 38454.484 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P20042
#51: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 1 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit alpha / eIF-2alpha


分子量: 36161.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05198
#52: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit 3 / Eukaryotic translation initiation factor 2 subunit gamma X / eIF-2gX


分子量: 51178.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41091, protein-synthesizing GTPase
#53: タンパク質 Eukaryotic translation initiation factor 1 / eIF1 / A121 / Protein translation factor SUI1 homolog / Sui1iso1


分子量: 12752.498 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P41567

+
非ポリマー , 3種, 6分子

#55: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION / 亜鉛


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Zn
#56: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / グアノシン三リン酸


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
#57: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン / マグネシウム


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 2COMPLEX#1-#540MULTIPLE SOURCES
2human 43S preinitiation ribosome complex - state 2COMPLEX#1-#531NATURAL
3SARS-CoV-2 Nsp1COMPLEX#541NATURAL
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
12Homo sapiens (ヒト)9606
23Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)2697049
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 44.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53769 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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