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- PDB-6kw3: The ClassA RSC-Nucleosome Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kw3
タイトルThe ClassA RSC-Nucleosome Complex
要素
  • (Chromatin structure-remodeling complex protein ...) x 5
  • (Chromatin structure-remodeling complex subunit ...) x 5
  • (DNA 167) x 2
  • (Histone H4) x 2
  • Actin-like protein ARP9
  • Actin-related protein 7
  • High temperature lethal protein 1
  • Histone H2A
  • Histone H3.2
  • Nuclear protein STH1/NPS1
  • Regulator of Ty1 transposition protein 102
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / chromatin remodeler / SWI/SNF family / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / chromatin remodeling at centromere / plasmid maintenance / transfer RNA gene-mediated silencing / RSC-type complex / DNA translocase activity / nucleosome mobilization / nucleosome disassembly / UV-damage excision repair ...regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / chromatin remodeling at centromere / plasmid maintenance / transfer RNA gene-mediated silencing / RSC-type complex / DNA translocase activity / nucleosome mobilization / nucleosome disassembly / UV-damage excision repair / nucleosome positioning / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / sister chromatid cohesion / クロマチンリモデリング / rRNA transcription / sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome, centromeric region / histone H4 acetylation / ATPase activity, acting on DNA / transcription elongation from RNA polymerase II promoter / cytoskeleton organization / positive regulation of transcription elongation from RNA polymerase II promoter / meiotic cell cycle / DNA-templated transcription, initiation / chromosome segregation / lysine-acetylated histone binding / ヌクレオソーム / double-strand break repair via homologous recombination / 塩基除去修復 / double-strand break repair / transcription coregulator activity / rRNA processing / cellular response to hydrogen peroxide / helicase activity / ヘリカーゼ / DNA helicase activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / chromatin organization / G2/M transition of mitotic cell cycle / histone binding / クロマチンリモデリング / sequence-specific DNA binding / transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / ATPase activity / protein heterodimerization activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of transcription, DNA-templated / structural molecule activity / positive regulation of transcription, DNA-templated / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 細胞核
Rtt102p-like transcription regulator protein / Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Histone H2A, C-terminal domain / SMARCC, C-terminal / Snf2, ATP coupling domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC1/RSC2/RSC4 / Histone H4, conserved site / Bromodomain, conserved site / Transcription regulator protein Rtt102 ...Rtt102p-like transcription regulator protein / Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Histone H2A, C-terminal domain / SMARCC, C-terminal / Snf2, ATP coupling domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC1/RSC2/RSC4 / Histone H4, conserved site / Bromodomain, conserved site / Transcription regulator protein Rtt102 / SANT domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / Helicase/SANT-associated domain / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Histone-fold / CENP-T/Histone H4, histone fold / Homeobox-like domain superfamily / SWIRM domain / Histone H2A/H2B/H3 / SNF5/SMARCB1/INI1 / Actin family / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / Histone H2A / Histone H4 / Helicase, C-terminal / Bromodomain / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Histone H2A conserved site / Rsc1/Rsc2, bromodomain / Histone H2B / Zinc finger, ZZ type / アクチン / C-terminus of histone H2A / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / BAH domain / Snf2-ATP coupling, chromatin remodelling complex / HSA / Helicase conserved C-terminal domain / SNF2 family N-terminal domain / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / Chromatin remodelling complex Rsc7/Swp82 subunit / SWIRM-associated region 1 / SWIRM domain / Myb-like DNA-binding domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Fungal Zn(2)-Cys(6) binuclear cluster domain / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / Bromodomain / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily / Zinc finger, ZZ-type superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / Rsc8/Ssr1/Ssr2, zinc finger, ZZ-type / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / Bromodomain-like superfamily / SANT/Myb domain / TATA box binding protein associated factor (TAF) / Zinc finger, ZZ-type / Histone H3/CENP-A / SNF2-related domain
Histone H4 / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / High temperature lethal protein 1 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6 / Histone H3.2 / Nuclear protein STH1/NPS1 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8 ...Histone H4 / Histone H2B 1.1 / Histone H2A type 1 / High temperature lethal protein 1 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6 / Histone H3.2 / Nuclear protein STH1/NPS1 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8 / Regulator of Ty1 transposition protein 102 / Histone H4 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4 / Histone H2A / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9 / Actin-like protein ARP9 / Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3 / Actin-related protein 7 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58
生物種Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.13 Å
データ登録者Ye, Y.P. / Wu, H. / Chen, K.J. / Verma, N. / Cairns, B. / Gao, N. / Chen, Z.C.
引用ジャーナル: Science / : 2019
タイトル: Structure of the RSC complex bound to the nucleosome.
著者: Youpi Ye / Hao Wu / Kangjing Chen / Cedric R Clapier / Naveen Verma / Wenhao Zhang / Haiteng Deng / Bradley R Cairns / Ning Gao / Zhucheng Chen /
要旨: The RSC complex remodels chromatin structure and regulates gene transcription. We used cryo-electron microscopy to determine the structure of yeast RSC bound to the nucleosome. RSC is delineated into ...The RSC complex remodels chromatin structure and regulates gene transcription. We used cryo-electron microscopy to determine the structure of yeast RSC bound to the nucleosome. RSC is delineated into the adenosine triphosphatase motor, the actin-related protein module, and the substrate recruitment module (SRM). RSC binds the nucleosome mainly through the motor, with the auxiliary subunit Sfh1 engaging the H2A-H2B acidic patch to enable nucleosome ejection. SRM is organized into three substrate-binding lobes poised to bind their respective nucleosomal epitopes. The relative orientations of the SRM and the motor on the nucleosome explain the directionality of DNA translocation and promoter nucleosome repositioning by RSC. Our findings shed light on RSC assembly and functionality, and they provide a framework to understand the mammalian homologs BAF/PBAF and the Sfh1 ortholog INI1/BAF47, which are frequently mutated in cancers.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2019年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
B: Histone H4
N: Histone H3.2
O: Histone H2A
Q: Histone H3.2
R: Histone H4
S: Histone H2A
U: DNA 167
V: DNA 167
W: Nuclear protein STH1/NPS1
f: Actin-related protein 7
h: Regulator of Ty1 transposition protein 102
F: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7
H: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8
D: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8
M: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9
I: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6
G: Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1
A: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58
J: Nuclear protein STH1/NPS1
E: High temperature lethal protein 1
C: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30
K: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3
X: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4
L: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2
T: Histone H4
P: Histone H4
g: Actin-like protein ARP9
Y: Nuclear protein STH1/NPS1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,598,36329
ポリマ-1,598,29728
非ポリマー651
0
1


タイプ名称対称操作
identity operation1_5551

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要素

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タンパク質 , 9種, 15分子 BRNQOSWJYfhETPg

#1: タンパク質 Histone H4 /


分子量: 11394.426 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P62799
#2: タンパク質 Histone H3.2


分子量: 15421.101 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P84233
#3: タンパク質 Histone H2A /


分子量: 14109.436 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: hist1h2aj, LOC494591, XELAEV_18003602mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6AZJ8, UniProt: P06897*PLUS
#6: タンパク質 Nuclear protein STH1/NPS1 / ATP-dependent helicase STH1 / Chromatin structure-remodeling complex protein STH1 / SNF2 homolog


分子量: 156982.406 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32597, ヘリカーゼ
#7: タンパク質 Actin-related protein 7 / Actin-like protein ARP7 / Chromatin structure-remodeling complex protein ARP7 / SWI/SNF complex component ARP7


分子量: 53863.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12406
#8: タンパク質 Regulator of Ty1 transposition protein 102


分子量: 17817.615 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53330
#15: タンパク質 High temperature lethal protein 1 / Chromatin structure-remodeling complex protein HTL1


分子量: 9192.524 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q9URQ5
#20: タンパク質 Histone H4 /


分子量: 13925.202 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
遺伝子: XELAEV_18028549mg / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1L8G0X3, UniProt: P02281*PLUS
#21: タンパク質 Actin-like protein ARP9 / Chromatin structure-remodeling complex protein ARP9 / SWI/SNF complex component ARP9


分子量: 53131.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q05123

+
DNA鎖 , 2種, 2分子 UV

#4: DNA鎖 DNA 167


分子量: 51421.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#5: DNA鎖 DNA 167


分子量: 51683.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

+
Chromatin structure-remodeling complex subunit ... , 5種, 5分子 FMGXL

#9: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7 / Nuclear protein localization protein 6 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 7


分子量: 49716.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32832
#11: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9 / RSC complex subunit RSC9 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 9


分子量: 65289.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q03124
#13: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1 / RSC complex subunit SFH1 / SNF5 homolog 1


分子量: 48833.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06168
#18: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4 / RSC complex subunit RSC4 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 4


分子量: 72372.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q02206
#19: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2 / RSC complex subunit RSC2 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 2


分子量: 102443.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06488

+
Chromatin structure-remodeling complex protein ... , 5種, 6分子 HDIACK

#10: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 8 / SWI3 homolog


分子量: 63253.965 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43609
#12: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 6


分子量: 54222.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25632
#14: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 58


分子量: 57871.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q07979
#16: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 30


分子量: 101448.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38781
#17: タンパク質 Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3 / Remodel the structure of chromatin complex subunit 3


分子量: 101833.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06639

+
非ポリマー , 1種, 1分子

#22: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION / 亜鉛


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Zn

+
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: RSC / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#21 / 由来: NATURAL
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影電子線照射量: 2 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 7.13 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 45077 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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