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- PDB-5r8t: PanDDA analysis group deposition of ground-state model of SARS-Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5r8t
タイトルPanDDA analysis group deposition of ground-state model of SARS-CoV-2 main protease screened against DSI poised (Enamine), Fraglites and Peplites (Newcastle university), Mini Frags (Astex), York 3D (York university), electrophile cysteine covalent (Weizman institute) fragment libraries
要素3C-like proteinase
キーワードHYDROLASE (加水分解酵素) / SGC - Diamond I04-1 fragment screening / PanDDA / XChemExplorer
機能・相同性
機能・相同性情報


modulation by virus of host autophagy / mRNA methylation / RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic / suppression by virus of host translation / ISG15-specific protease activity / suppression by virus of host type I interferon production / induction by virus of catabolism of host mRNA / SARS coronavirus main proteinase / cytoplasmic viral factory / suppression by virus of host ISG15 activity ...modulation by virus of host autophagy / mRNA methylation / RNA phosphodiester bond hydrolysis, exonucleolytic / suppression by virus of host translation / ISG15-specific protease activity / suppression by virus of host type I interferon production / induction by virus of catabolism of host mRNA / SARS coronavirus main proteinase / cytoplasmic viral factory / suppression by virus of host ISG15 activity / suppression by virus of host toll-like receptor signaling pathway / protein K48-linked deubiquitination / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エキソリボヌクレアーゼ / 3'-5'-exoribonuclease activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / suppression by virus of host IRF3 activity / exonuclease activity / suppression by virus of host NF-kappaB transcription factor activity / modulation by virus of host protein ubiquitination / transcription, RNA-templated / protein K63-linked deubiquitination / viral genome replication / positive stranded viral RNA replication / protein autoprocessing / suppression by virus of host TRAF activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / host cell membrane / viral transcription / ubiquitinyl hydrolase 1 / helicase activity / cysteine-type peptidase activity / ヘリカーゼ / methyltransferase activity / DNA helicase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / single-stranded RNA binding / thiol-dependent deubiquitinase / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral protein processing / メチル化 / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / suppression by virus of host type I interferon-mediated signaling pathway / endonuclease activity / RNA依存性RNAポリメラーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / RNA helicase activity / transcription, DNA-templated / host cell cytoplasm / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / protein dimerization activity / protein homodimerization activity / zinc ion binding / integral component of membrane / ATP binding / identical protein binding
Macro domain / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Endoribonuclease EndoU-like / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding (NAR) domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase ...Macro domain / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP8 superfamily, coronavirus / Endoribonuclease EndoU-like / Non-structural protein NSP7 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP9 superfamily, coronavirus / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding (NAR) domain, betacoronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / (+) RNA virus helicase core domain / Non-structural protein NSP3, N-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP3A domain-like superfamily / DPUP/SUD, C-terminal, betacoronavirus / Non-structural protein NSP1, betacoronavirus / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Non-structural protein NSP8, coronavirus-like / Non-structural protein NSP7, coronavirus / Non-structural protein NSP9, coronavirus / Peptidase C16, coronavirus / RNA polymerase, N-terminal, coronaviral / Non-structural protein 14, coronavirus / Non-structural protein NSP16, coronavirus-like / Peptidase S1, PA clan / Non-structural protein NSP1 superfamily, betacoronavirus / Non-structural protein NSP4, C-terminal superfamily, coronavirus / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Polyprotein cleavage domain PL2pro superfamily, coronavirus / Nonstructural protein 2, N-terminal domain, coronavirus / Non-structural protein 2, C-terminal domain, coronavirus / Coronavirus replicase NSP4, N-terminal / Coronavirus replicase NSP3, C-terminal / Non-structural protein 6, coronavirus / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, middle domain / Coronavirus replicase NSP15, N-terminal oligomerisation / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Papain-like viral protease, palm and finger domains, coronavirus / DNA/RNA polymerase superfamily / Non-structural protein NSP3, SUD-N (Mac2) domain, betacoronavirus / Peptidase C30, domain 3, coronavirus / Yro2-like, 7TM domain / Macro domain-like / Papain-like protease, thumb domain superfamily, coronavirus / Papain-like protease, N-terminal domain superfamily, coronavirus / Non-structural protein NSP15, middle domain superfamily / Replicase polyprotein, nucleic acid-binding domain superfamily / Non-structural protein NSP15, N-terminal domain superfamily, coronavirus / DNA2/NAM7 helicase-like, C-terminal / Non-structural protein NSP3, SUD-M domain superfamily, betacoronavirus / Peptidase C30, coronavirus / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / main proteinase (3clpro) structure, domain 3 / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Βバレル / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
Replicase polyprotein 1ab
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 分子置換 / 解像度: 1.27 Å
データ登録者Fearon, D. / Owen, C.D. / Douangamath, A. / Lukacik, P. / Powell, A.J. / Strain-Damerell, C.M. / Resnick, E. / Krojer, T. / Gehrtz, P. / Wild, C. ...Fearon, D. / Owen, C.D. / Douangamath, A. / Lukacik, P. / Powell, A.J. / Strain-Damerell, C.M. / Resnick, E. / Krojer, T. / Gehrtz, P. / Wild, C. / Aimon, A. / Brandao-Neto, J. / Carbery, A. / Dunnett, L. / Skyner, R. / Snee, M. / London, N. / Walsh, M.A. / von Delft, F.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: PanDDA analysis group deposition of ground-state model of SARS-CoV-2 main protease fragment screening
著者: Fearon, D. / Owen, C.D. / Douangamath, A. / Lukacik, P. / Powell, A.J. / Strain-Damerell, C.M. / Resnick, E. / Krojer, T. / Gehrtz, P. / Wild, C. / Aimon, A. / Brandao-Neto, J. / Carbery, A. ...著者: Fearon, D. / Owen, C.D. / Douangamath, A. / Lukacik, P. / Powell, A.J. / Strain-Damerell, C.M. / Resnick, E. / Krojer, T. / Gehrtz, P. / Wild, C. / Aimon, A. / Brandao-Neto, J. / Carbery, A. / Dunnett, L. / Skyner, R. / Snee, M. / London, N. / Walsh, M.A. / von Delft, F.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2020年3月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_name_com ...entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec ..._entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession
改定 1.22021年1月27日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn_detector / entity / entity_name_com
Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date / _entity.pdbx_ec / _entity_name_com.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0604
ポリマ－33,8261
非ポリマー2343
水6,143341
1
A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子

A: 3C-like proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,1208
ポリマ－67,6512
非ポリマー4696
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area4120 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area25250 Å2
手法PISA
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)112.207, 52.596, 44.631
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.990, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-753-

HOH

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要素

#1: タンパク質 3C-like proteinase / SARS-CoV-2 main protease / 3CL-PRO / 3CLp / Main protease / Mpro / Non-structural protein 5 / nsp5 ...SARS-CoV-2 main protease / 3CL-PRO / 3CLp / Main protease / Mpro / Non-structural protein 5 / nsp5 / SARS coronavirus main proteinase


分子量: 33825.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
遺伝子: rep, 1a-1b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTD1, SARS coronavirus main proteinase
#2: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / ジメチルスルホキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.16 % / Mosaicity: 0 °
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 15% PEG 4K, 5% DMSO / PH範囲: 0.1M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9126 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9126 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.27→54.69 Å / Num. obs: 57493 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 7.1 / Num. measured all: 160893 / Scaling rejects: 126
反射 シェル

回折-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.27-1.291.20.708129610510.3920.6960.9940.431.9
6.96-54.693.40.03214954360.9980.020.03726.699.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0258精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.23データ抽出
XDSデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 6LU7

6lu7


解像度: 1.27→54.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.657 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.063 / ESU R Free: 0.064 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2081 2729 4.8 %RANDOM
Rwork0.1841 ---
Obs0.1852 54097 85.04 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 57.59 Å2 / Biso mean: 16.473 Å2 / Biso min: 8.14 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å2-0 Å2-0.49 Å2
2---0.3 Å20 Å2
3----0.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.27→54.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2347 0 12 341 2700
Biso mean--22.78 29.53 -
残基数----304
拘束条件
精密化-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0132431
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6761.6383307
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5611.5695091
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2725309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.92423.306121
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.23615388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9941511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.022755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02506
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4161.5571227
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4151.5551226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1852.3391536
LS精密化 シェル解像度: 1.27→1.303 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.453 55 -
Rwork0.402 1232 -
All-1287 -
Obs--26.21 %

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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