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- PDB-3k1k: Green fluorescent protein bound to enhancer nanobody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3k1k
タイトルGreen fluorescent protein bound to enhancer nanobody
要素
  • Enhancer
  • Green Fluorescent Protein緑色蛍光タンパク質
キーワードLUMINESCENT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM (ルミネセンス) / nanobody (ナノボディ) / ANTIBODY-COMPLEX / CHROMOPHORE / LUMINESCENCE (ルミネセンス) / PHOTOPROTEIN / LUMINESCENT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX (ルミネセンス)
機能・相同性
機能・相同性情報


生物発光 / generation of precursor metabolites and energy / protein-chromophore linkage
Green fluorescent protein, GFP / 緑色蛍光タンパク質 / Green fluorescent protein-related / 緑色蛍光タンパク質 / 緑色蛍光タンパク質 / 抗体 / Immunoglobulin-like / Βバレル / サンドイッチ / Mainly Beta
緑色蛍光タンパク質
生物種Aequorea Victoria (オワンクラゲ)
Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Kirchhofer, A. / Helma, J. / Schmidthals, K. / Frauer, C. / Cui, S. / Karcher, A. / Pellis, M. / Muyldermans, S. / Delucci, C.C. / Cardoso, M.C. ...Kirchhofer, A. / Helma, J. / Schmidthals, K. / Frauer, C. / Cui, S. / Karcher, A. / Pellis, M. / Muyldermans, S. / Delucci, C.C. / Cardoso, M.C. / Leonhardt, H. / Hopfner, K.-P. / Rothbauer, U.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / : 2010
タイトル: Modulation of protein properties in living cells using nanobodies
著者: Kirchhofer, A. / Helma, J. / Schmidthals, K. / Frauer, C. / Cui, S. / Karcher, A. / Pellis, M. / Muyldermans, S. / Deulcci, C.C. / Cardoso, M.C. / Leonhardt, H. / Hopfner, K.-P. / Rothbauer, U.
構造検証レポート
簡易版詳細版構造検証レポートについて
履歴
登録2009年9月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月18日Group: Database references / Source and taxonomy
改定 1.32017年1月25日Group: Structure summary

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green Fluorescent Protein
B: Green Fluorescent Protein
C: Enhancer
D: Enhancer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,5544
ポリマ-81,5544
非ポリマー00
7,332407
1
A: Green Fluorescent Protein
C: Enhancer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7772
ポリマ-40,7772
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Green Fluorescent Protein
D: Enhancer


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,7772
ポリマ-40,7772
非ポリマー00
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
γ
α
β
Length a, b, c (Å)160.470, 160.470, 78.828
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number93
Space group name H-MP4222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-338-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Green Fluorescent Protein / 緑色蛍光タンパク質


分子量: 27017.562 Da / 分子数: 2 / 変異: S2G, Q80R, F99S, M153T, V163A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea Victoria (オワンクラゲ)
遺伝子: GFP / プラスミド: PRSET5D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834 (Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 抗体 Enhancer


分子量: 13759.219 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
プラスミド: Phen6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
#3: 水 ChemComp-HOH / water /


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / : H2O
配列の詳細IN THE CHAINS A AND B, THE SKIPPED RESIDUE NUMBERS 65, 67 ARE DUE TO THE CHROMOPHORE. IN THE CHAINS ...IN THE CHAINS A AND B, THE SKIPPED RESIDUE NUMBERS 65, 67 ARE DUE TO THE CHROMOPHORE. IN THE CHAINS C AND D, THERE ARE RESIDUES WITH INSERTION CODES

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.52 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 60% MPD, 100MM NAAC PH 4.6, 10MM CACL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 77.2 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.9793 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2008年7月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→46.048 Å / Num. obs: 56271 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 3.13 % / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 14.95
反射 シェル解像度: 2.15→2.29 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Rsym value: 0.454 / % possible all: 98.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→46.048 Å / SU ML: 0.49 / σ(F): 1.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2547 2860 5.08 %
Rwork0.2125 --
Obs0.2146 56271 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 59.465 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.6978 Å20 Å20 Å2
2--3.6978 Å20 Å2
3----7.3957 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.048 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5378 0 0 407 5785
拘束条件
精密化-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085513
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.147448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.3932023
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.073785
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006978
LS精密化 シェル

精密化-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.1504-2.18750.3521420.3138260498
2.1875-2.22730.34851320.30672624100
2.2273-2.27010.36681440.29552630100
2.2701-2.31650.31491440.29192630100
2.3165-2.36680.33781520.28482614100
2.3668-2.42190.35691510.29222630100
2.4219-2.48240.34461340.27272654100
2.4824-2.54950.30981460.26742636100
2.5495-2.62460.31961580.26432641100
2.6246-2.70930.31581500.24542643100
2.7093-2.80610.28341480.23422645100
2.8061-2.91840.25141410.23692662100
2.9184-3.05120.27851490.21742635100
3.0512-3.2120.24021310.21132699100
3.212-3.41320.23311350.19542678100
3.4132-3.67670.22661390.18212682100
3.6767-4.04650.22931360.18552701100
4.0465-4.63150.21781390.1572735100
4.6315-5.83340.18721510.16962743100
5.8334-46.05860.22461380.20362925100

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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