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- EMDB-9877: Structure of PSI dimer from Anabaena -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-9877
タイトルStructure of PSI dimer from Anabaena
マップデータ
試料PSI dimer
生物種Nostoc sp. PCC 7120 (藍藻)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Kato K / Nagao R / Shen JR / Miyazaki N / Akita F
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2019
タイトル: Structure of a cyanobacterial photosystem I tetramer revealed by cryo-electron microscopy.
著者: Koji Kato / Ryo Nagao / Tian-Yi Jiang / Yoshifumi Ueno / Makio Yokono / Siu Kit Chan / Mai Watanabe / Masahiko Ikeuchi / Jian-Ren Shen / Seiji Akimoto / Naoyuki Miyazaki / Fusamichi Akita /
要旨: Photosystem I (PSI) functions to harvest light energy for conversion into chemical energy. The organisation of PSI is variable depending on the species of organism. Here we report the structure of a ...Photosystem I (PSI) functions to harvest light energy for conversion into chemical energy. The organisation of PSI is variable depending on the species of organism. Here we report the structure of a tetrameric PSI core isolated from a cyanobacterium, Anabaena sp. PCC 7120, analysed by single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) at 3.3 Å resolution. The PSI tetramer has a C2 symmetry and is organised in a dimer of dimers form. The structure reveals interactions at the dimer-dimer interface and the existence of characteristic pigment orientations and inter-pigment distances within the dimer units that are important for unique excitation energy transfer. In particular, characteristic residues of PsaL are identified to be responsible for the formation of the tetramer. Time-resolved fluorescence analyses showed that the PSI tetramer has an enhanced excitation-energy quenching. These structural and spectroscopic findings provide insights into the physiological significance of the PSI tetramer and evolutionary changes of the PSI organisations.
履歴
登録2019年4月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2019年11月13日-
現状2019年11月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_9877.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.12 Å/pix.
x 440 pix.
= 492.8 Å
1.12 Å/pix.
x 440 pix.
= 492.8 Å
1.12 Å/pix.
x 440 pix.
= 492.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.12 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.023889257 - 0.09283819
平均 (標準偏差)0.00030213883 (±0.0024929973)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 492.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.121.121.12
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z492.800492.800492.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0240.0930.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 PSI dimer

全体名称: PSI dimer / 構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, PSI dimer

タンパク質名称: PSI dimer / 組換発現: No
分子量理論値: 700 kDa
由来生物種: Nostoc sp. PCC 7120 (藍藻)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 0.014 mg/mL / pH: 6.5
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 40 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: FEI FALCON III (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 117137
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: flexible / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient / 精密化に使用した空間: REAL
利用したPDBモデル: 1JB0

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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