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- EMDB-8012: The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRN... -

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データベース: EMDB / ID: EMD-8012
タイトルThe overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom
マップデータ
試料The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
  • (nucleic-acid核酸) x 3
  • (Pre-mRNA-splicing factor ...) x 3
  • (U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein ...) x 2
  • Spliceosomal protein DIB1スプライセオソーム
  • Pre-mRNA-processing factor 31
  • Pre-mRNA-splicing helicase BRR2
  • Unknown protein
  • Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
  • (Small nuclear ribonucleoprotein ...核内低分子リボ核タンパク質) x 6
  • Snu66
  • 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein
  • (U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7
  • ligandリガンド
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of 5S rRNA / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / U4/U6 snRNP / snoRNA splicing / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / rRNA 2'-O-methylation / positive regulation of RNA binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) ...maturation of 5S rRNA / spliceosomal conformational changes to generate catalytic conformation / U4/U6 snRNP / snoRNA splicing / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / rRNA 2'-O-methylation / positive regulation of RNA binding / generation of catalytic spliceosome for first transesterification step / spliceosome conformational change to release U4 (or U4atac) and U1 (or U11) / splicing factor binding / box C/D RNP complex / P-body assembly / pICln-Sm protein complex / U4 snRNP / nuclear-transcribed mRNA catabolic process / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / small nuclear ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / SMN-Sm protein complex / mRNA cis splicing, via spliceosome / U4 snRNA binding / U2-type catalytic step 2 spliceosome / commitment complex / U2 snRNP / U3 snoRNA binding / U12-type spliceosomal complex / generation of catalytic spliceosome for second transesterification step / U2-type prespliceosome / spliceosomal snRNP assembly / U1 snRNP / mRNA 3'-splice site recognition / mRNA 5'-splice site recognition / precatalytic spliceosome / RNA metabolic process / tRNA processing / spliceosomal tri-snRNP complex assembly / rRNA methylation / U5 snRNP / U5 snRNA binding / poly(U) RNA binding / U2 snRNA binding / U6 snRNA binding / pre-mRNA intronic binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / maturation of SSU-rRNA / U1 snRNA binding / small-subunit processome / isopeptidase activity / catalytic step 2 spliceosome / maturation of LSU-rRNA / spliceosomal complex / P-body / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / metallopeptidase activity / rRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / ribonucleoprotein complex / ヘリカーゼ / RNA helicase activity / GTPase activity / mRNA binding / GTP binding / 核小体 / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / ATP binding / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
Translation protein, beta-barrel domain superfamily / PRP1 splicing factor, N-terminal / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Pre-mRNA-splicing factor 3 / Tetratricopeptide repeat-containing domain / PROCT domain / NOSIC / PROCN domain / PRO8NT domain ...Translation protein, beta-barrel domain superfamily / PRP1 splicing factor, N-terminal / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Pre-mRNA-splicing factor 3 / Tetratricopeptide repeat-containing domain / PROCT domain / NOSIC / PROCN domain / PRO8NT domain / Ribonuclease H-like superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / LSM domain superfamily / Domain of unknown function DUF1115 / Translation elongation factor EFG/EF2, domain IV / Pre-mRNA processing factor 4 (PRP4)-like / SNU66/SART1 family / Sec63 domain / Translation elongation factor EFTu-like, domain 2 / Dim1 family / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae conserved site / HAT (Half-A-TPR) repeat / Nop domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2, eukaryote / WD40リピート / Helicase, C-terminal / LSM domain, eukaryotic/archaea-type / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor EFG, domain V-like / Immunoglobulin E-set / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, C-terminal / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp31 / Sm-like protein Lsm3 / Sm-like protein Lsm8 / Sm-like protein Lsm4 / Small nuclear ribonucleoprotein F / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein G / Sm-like protein LSm5 / 116kDa U5 small nuclear ribonucleoprotein component, N-terminal / 50S ribosomal protein L30e-like / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / Like-Sm (LSM) domain containing protein, LSm4/SmD1/SmD3 / Pre-mRNA-processing factor 6/Prp1/STA1 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein Prp3 / Sm-like protein Lsm6/SmF / Small nuclear ribonucleoprotein E / PRP8 domain IV core / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Tetratricopeptide repeat / RNA recognition motif, spliceosomal PrP8 / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U6-snRNA-binding / Prp31 C-terminal / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / WD40-repeat-containing domain / Sm-like protein Lsm7 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / EF-G domain III/V-like / Nop domain superfamily / Brr2, N-terminal helicase PWI domain / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / C2 domain superfamily / MPN domain / U6 snRNA-associated Sm-like protein Lsm3 / Nop, C-terminal domain / Pre-mRNA-processing-splicing factor 8, U5-snRNA-binding domain superfamily / Prp8 RNase domain IV, palm region / Prp8 RNase domain IV, fingers region / Snu114, GTP-binding domain / Thioredoxin-like superfamily
U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Spliceosomal protein DIB1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / Small nuclear ribonucleoprotein F / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 ...U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / Small nuclear ribonucleoprotein E / Spliceosomal protein DIB1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / Small nuclear ribonucleoprotein F / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / Pre-mRNA-processing factor 31 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / Small nuclear ribonucleoprotein G / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / Pre-mRNA-splicing factor 8 / Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / Pre-mRNA-splicing factor 6 / U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / 66 kDa U4/U6.U5 small nuclear ribonucleoprotein component
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Nguyen THD / Galej WP / Bai XC / Oubridge C / Scheres SHW / Newman AJ / Nagai K
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number
Medical Research Council (United Kingdom) 英国
引用
ジャーナル: Nature / : 2016
タイトル: Cryo-EM structure of the yeast U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution.
著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-Chen Bai / Chris Oubridge / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai /
要旨: U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led ...U4/U6.U5 tri-snRNP represents a substantial part of the spliceosome before activation. A cryo-electron microscopy structure of Saccharomyces cerevisiae U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Å resolution led to an essentially complete atomic model comprising 30 proteins plus U4/U6 and U5 small nuclear RNAs (snRNAs). The structure reveals striking interweaving interactions of the protein and RNA components, including extended polypeptides penetrating into subunit interfaces. The invariant ACAGAGA sequence of U6 snRNA, which base-pairs with the 5'-splice site during catalytic activation, forms a hairpin stabilized by Dib1 and Prp8 while the adjacent nucleotides interact with the exon binding loop 1 of U5 snRNA. Snu114 harbours GTP, but its putative catalytic histidine is held away from the γ-phosphate by hydrogen bonding to a tyrosine in the amino-terminal domain of Prp8. Mutation of this histidine to alanine has no detectable effect on yeast growth. The structure provides important new insights into the spliceosome activation process leading to the formation of the catalytic centre.
#1: ジャーナル: Nature / : 2015
タイトル: The architecture of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP.
著者: Thi Hoang Duong Nguyen / Wojciech P Galej / Xiao-chen Bai / Christos G Savva / Andrew J Newman / Sjors H W Scheres / Kiyoshi Nagai /
要旨: U4/U6.U5 tri-snRNP is a 1.5-megadalton pre-assembled spliceosomal complex comprising U5 small nuclear RNA (snRNA), extensively base-paired U4/U6 snRNAs and more than 30 proteins, including the key ...U4/U6.U5 tri-snRNP is a 1.5-megadalton pre-assembled spliceosomal complex comprising U5 small nuclear RNA (snRNA), extensively base-paired U4/U6 snRNAs and more than 30 proteins, including the key components Prp8, Brr2 and Snu114. The tri-snRNP combines with a precursor messenger RNA substrate bound to U1 and U2 small nuclear ribonucleoprotein particles (snRNPs), and transforms into a catalytically active spliceosome after extensive compositional and conformational changes triggered by unwinding of the U4 and U6 (U4/U6) snRNAs. Here we use cryo-electron microscopy single-particle reconstruction of Saccharomyces cerevisiae tri-snRNP at 5.9 Å resolution to reveal the essentially complete organization of its RNA and protein components. The single-stranded region of U4 snRNA between its 3' stem-loop and the U4/U6 snRNA stem I is loaded into the Brr2 helicase active site ready for unwinding. Snu114 and the amino-terminal domain of Prp8 position U5 snRNA to insert its loop I, which aligns the exons for splicing, into the Prp8 active site cavity. The structure provides crucial insights into the activation process and the active site of the spliceosome.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2015年12月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年1月27日-
マップ公開2016年1月27日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.036
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-5gan
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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_8012.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.43 Å/pix.
x 380 pix.
= 543.4 Å
1.43 Å/pix.
x 380 pix.
= 543.4 Å
1.43 Å/pix.
x 380 pix.
= 543.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.43 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.036 / ムービー #1: 0.036
最小 - 最大-0.121906534 - 0.2434729
平均 (標準偏差)0.00001066356 (±0.007296074)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 543.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.431.431.43
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z543.400543.400543.400
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-190-190-190
NX/NY/NZ380380380
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-0.1220.2430.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP

全体名称: The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
詳細: 30 proteins and 3 snRNAs / 構成要素数: 30

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構成要素 #1: タンパク質, The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 t...

タンパク質名称: The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP
詳細: 30 proteins and 3 snRNAs / 組換発現: No
分子量理論値: 1.5 MDa
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #2: nucleic-acid, U4 snRNA

核酸名称: U4 snRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
AUCCUUAUGC ACGGGAAAUA CGCAUAUCAG UGAGGAUUCG UCCGAGAUUG UGUUUUUGCU GGUUGAAAUU UAAUUAUAAA CCAGACCGUC UCCUCAUGGU CAAUUCGGUG UUCGCUUUUG AAUACUUCAA GACUAUGUAG GGAAUUUUUG GAAUACCUUU
分子量理論値: 51.186023 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #3: nucleic-acid, U6 snRNA

核酸名称: U6 snRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
GUUCGCGAAG UAACCCUUCG UGGACAUUUG GUCAAUUUGA AACAAUACAG AGAUGAUCAG CAGUUCCCCU GCAUAAGGAU GAACCGUUUU ACAAAGAGAU UUAUUUCGUU UU
分子量理論値: 35.883176 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #4: タンパク質, Pre-mRNA-splicing factor 8

タンパク質名称: Pre-mRNA-splicing factor 8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 279.867469 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #5: タンパク質, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4

タンパク質名称: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 52.506984 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #6: タンパク質, Pre-mRNA-splicing factor 6

タンパク質名称: Pre-mRNA-splicing factor 6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 104.370133 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #7: タンパク質, Spliceosomal protein DIB1

タンパク質名称: Spliceosomal protein DIB1スプライセオソーム
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.798387 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #8: タンパク質, Pre-mRNA-processing factor 31

タンパク質名称: Pre-mRNA-processing factor 31 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 56.382516 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #9: タンパク質, U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3

タンパク質名称: U4/U6 small nuclear ribonucleoprotein PRP3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 55.97432 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #10: タンパク質, Pre-mRNA-splicing helicase BRR2

タンパク質名称: Pre-mRNA-splicing helicase BRR2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 246.470266 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #11: タンパク質, Unknown protein

タンパク質名称: Unknown protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.528504 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #12: タンパク質, Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B

タンパク質名称: Small nuclear ribonucleoprotein-associated protein B
個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.42699 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #13: タンパク質, Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1

タンパク質名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D1 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.296798 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #14: タンパク質, Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2

タンパク質名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D2 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.876066 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #15: タンパク質, Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3

タンパク質名称: Small nuclear ribonucleoprotein Sm D3 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.240139 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #16: タンパク質, Small nuclear ribonucleoprotein E

タンパク質名称: Small nuclear ribonucleoprotein E / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.385098 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #17: タンパク質, Small nuclear ribonucleoprotein F

タンパク質名称: Small nuclear ribonucleoprotein F / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.669945 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #18: タンパク質, Small nuclear ribonucleoprotein G

タンパク質名称: Small nuclear ribonucleoprotein G / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.490809 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #19: タンパク質, Snu66

タンパク質名称: Snu66
詳細: Snu66 is mostly fitted as polyAla into helices and extended polypeptides within the EM map. The authors do not believe that the sequence number is correct.
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.660018 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #20: nucleic-acid, U5 snRNA

核酸名称: U5 snRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: AAGCAGCUUU ACAGAUCAAU GGCGGAGGGA GGUCAACAUC AAGAACUGUG GGCCUUUUAU UGCCUAUAGA ACUUAUAACG AACAUGGUUC UUGCCUUUUA CCAGAACCAU CCGGGUGUUG UCUCCAUAGA AACAGGUAAA GCUGUCCGUU ACUGUGGGCU UGCCAUAUUU ...配列:
AAGCAGCUUU ACAGAUCAAU GGCGGAGGGA GGUCAACAUC AAGAACUGUG GGCCUUUUAU UGCCUAUAGA ACUUAUAACG AACAUGGUUC UUGCCUUUUA CCAGAACCAU CCGGGUGUUG UCUCCAUAGA AACAGGUAAA GCUGUCCGUU ACUGUGGGCU UGCCAUAUUU UUUGGAACUU UUCUGCCCUU UUUCUCAAUG AGUAAGGAGG GCGU
分子量理論値: 68.643344 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #21: タンパク質, 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein

タンパク質名称: 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.582855 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #22: タンパク質, U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

タンパク質名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.177888 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #23: タンパク質, U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

タンパク質名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.039262 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #24: タンパク質, U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

タンパク質名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.29807 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #25: タンパク質, U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5

タンパク質名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.432954 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #26: タンパク質, U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6

タンパク質名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.406579 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #27: タンパク質, U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7

タンパク質名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.027045 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

+
構成要素 #28: タンパク質, U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8

タンパク質名称: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.403378 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

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構成要素 #29: タンパク質, Pre-mRNA-splicing factor SNU114

タンパク質名称: Pre-mRNA-splicing factor SNU114 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 114.132086 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : BCY123

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構成要素 #30: リガンド, GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

リガンド名称: GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATEグアノシン三リン酸
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.52318 kDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子
試料溶液試料濃度: 0.2 mg/mL / pH: 7.9
支持膜Grids are made of holey carbon, carbon-coated and glow discharged in N-amylamine.
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 38 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 81000.0 X (nominal), 35714.0 X (calibrated) / Cs: 2 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 500.0 - 3500.0 nm / エネルギーフィルター: GIF Quantum
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 2477

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 140155
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

モデリング #1精密化に使用した空間: RECIPROCAL
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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