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- EMDB-3748: Cryo-EM reconstruction of the small subunit of the Mycobacterium ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3748
タイトルCryo-EM reconstruction of the small subunit of the Mycobacterium smegmatis ribosome
マップデータ
試料30S small ribosomal subunit
  • (nucleic-acid核酸) x 3
  • Conserved domain proteinタンパク質ドメイン
  • (30S ribosomal protein ...) x 19
  • 50S ribosomal protein L31
  • (ligandリガンド) x 2
機能・相同性
機能・相同性情報


small ribosomal subunit / tRNA binding / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / mRNA binding / zinc ion binding / metal ion binding
Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site ...Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S3, conserved site / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S7 domain superfamily / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S4, conserved site / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S5, N-terminal / Domain of unknown function DUF1713 / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Ribosomal protein S7 domain / Ribosomal protein S8 superfamily / Ribosomal protein S6 superfamily / L28p-like / Ribosomal protein L31 type A / Ribosomal protein S10 domain / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S19/S15, superfamily / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein S4/S9 / Ribosomal protein S19 conserved site / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein S7, conserved site / Nucleic acid-binding, OB-fold / S15/NS1, RNA-binding / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S16 / K homology domain superfamily, prokaryotic type / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S13 / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S4, bacterial-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S15, bacterial-type / K Homology domain / K Homology domain, type 2 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S3, C-terminal domain superfamily
30S ribosomal protein S13 / 50S ribosomal protein L31 / 30S ribosomal protein S20 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S2 / 30S ribosomal protein S16 / 30S ribosomal protein S9 / 30S ribosomal protein S4 / 30S ribosomal protein S11 / 30S ribosomal protein S17 ...30S ribosomal protein S13 / 50S ribosomal protein L31 / 30S ribosomal protein S20 / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S2 / 30S ribosomal protein S16 / 30S ribosomal protein S9 / 30S ribosomal protein S4 / 30S ribosomal protein S11 / 30S ribosomal protein S17 / 30S ribosomal protein S5 / 30S ribosomal protein S8 / 30S ribosomal protein S14 type Z / 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S19 / 30S ribosomal protein S10 / 30S ribosomal protein S7 / 30S ribosomal protein S12 / Conserved domain protein / 30S ribosomal protein S6 / 30S ribosomal protein S18 2
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Hentschel J / Burnside C / Mignot I / Leibundgut M / Boehringer D / Ban N
資金援助 スイス, 2件
OrganizationGrant number
Swiss National Science Foundation310030B_163478 スイス
NCCR RNA and disease program, SNSF51NF40_141735 スイス
引用ジャーナル: Cell Rep / : 2017
タイトル: The Complete Structure of the Mycobacterium smegmatis 70S Ribosome.
著者: Jendrik Hentschel / Chloe Burnside / Ingrid Mignot / Marc Leibundgut / Daniel Boehringer / Nenad Ban /
要旨: The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death ...The ribosome carries out the synthesis of proteins in every living cell. It consequently represents a frontline target in anti-microbial therapy. Tuberculosis ranks among the leading causes of death worldwide, due in large part to the combination of difficult-to-treat latency and antibiotic resistance. Here, we present the 3.3-Å cryo-EM structure of the 70S ribosome of Mycobacterium smegmatis, a close relative to the human pathogen Mycobacterium tuberculosis. The structure reveals two additional ribosomal proteins and localizes them to the vicinity of drug-target sites in both the catalytic center and the decoding site of the ribosome. Furthermore, we visualized actinobacterium-specific rRNA and protein expansions that extensively remodel the ribosomal surface with implications for polysome organization. Our results provide a foundation for understanding the idiosyncrasies of mycobacterial translation and reveal atomic details of the structure that will facilitate the design of anti-tubercular therapeutics.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2017年6月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2017年7月12日-
マップ公開2017年7月12日-
更新2019年12月11日-
現状2019年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5o5j
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5o5j
  • Jmolによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3748.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.39 Å/pix.
x 216 pix.
= 300.24 Å
1.39 Å/pix.
x 216 pix.
= 300.24 Å
1.39 Å/pix.
x 216 pix.
= 300.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.39 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.23724163 - 0.55080956
平均 (標準偏差)0.0017705566 (±0.030618884)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 300.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.391.391.39
M x/y/z216216216
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z300.240300.240300.240
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS216216216
D min/max/mean-0.2370.5510.002

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 30S small ribosomal subunit

全体名称: 30S small ribosomal subunit / 構成要素数: 27

+
構成要素 #1: タンパク質, 30S small ribosomal subunit

タンパク質名称: 30S small ribosomal subunit / 組換発現: No
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #2: nucleic-acid, 16S rRNA

核酸名称: 16S rRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: UUUUUGUUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUUUCGGGGG UACUCGAGUG GCGAACGGGU GAGUAACACG UGGGUGAUCU GCCCUGCACU UUGGGAUAAG CCUGGGAAAC UGGGUCUAAU ...配列:
UUUUUGUUUG GAGAGUUUGA UCCUGGCUCA GGACGAACGC UGGCGGCGUG CUUAACACAU GCAAGUCGAA CGGAAAGGCC CUUUCGGGGG UACUCGAGUG GCGAACGGGU GAGUAACACG UGGGUGAUCU GCCCUGCACU UUGGGAUAAG CCUGGGAAAC UGGGUCUAAU ACCGAAUACA CCCUGCUGGU CGCAUGGCCU GGUAGGGGAA AGCUUUUGCG GUGUGGGAUG GGCCCGCGGC CUAUCAGCUU GUUGGUGGGG UGAUGGCCUA CCAAGGCGAC GACGGGUAGC CGGCCUGAGA GGGUGACCGG CCACACUGGG ACUGAGAUAC GGCCCAGACU CCUACGGGAG GCAGCAGUGG GGAAUAUUGC ACAAUGGGCG CAAGCCUGAU GCAGCGACGC CGCGUGAGGG AUGACGGCCU UCGGGUUGUA AACCUCUUUC AGCACAGACG AAGCGCAAGU GACGGUAUGU GCAGAAGAAG GACCGGCCAA CUACGUGCCA GCAGCCGCGG UAAUACGUAG GGUCCGAGCG UUGUCCGGAA UUACUGGGCG UAAAGAGCUC GUAGGUGGUU UGUCGCGUUG UUCGUGAAAA CUCACAGCUU AACUGUGGGC GUGCGGGCGA UACGGGCAGA CUAGAGUACU GCAGGGGAGA CUGGAAUUCC UGGUGUAGCG GUGGAAUGCG CAGAUAUCAG GAGGAACACC GGUGGCGAAG GCGGGUCUCU GGGCAGUAAC UGACGCUGAG GAGCGAAAGC GUGGGGAGCG AACAGGAUUA GAUACCCUGG UAGUCCACGC CGUAAACGGU GGGUACUAGG UGUGGGUUUC CUUCCUUGGG AUCCGUGCCG UAGCUAACGC AUUAAGUACC CCGCCUGGGG AGUACGGCCG CAAGGCUAAA ACUCAAAGGA AUUGACGGGG GCCCGCACAA GCGGCGGAGC AUGUGGAUUA AUUCGAUGCA ACGCGAAGAA CCUUACCUGG GUUUGACAUG CACAGGACGC CGGCAGAGAU GUCGGUUCCC UUGUGGCCUG UGUGCAGGUG GUGCAUGGCU GUCGUCAGCU CGUGUCGUGA GAUGUUGGGU UAAGUCCCGC AACGAGCGCA ACCCUUGUCU CAUGUUGCCA GCACGUUAUG GUGGGGACUC GUGAGAGACU GCCGGGGUCA ACUCGGAGGA AGGUGGGGAU GACGUCAAGU CAUCAUGCCC CUUAUGUCCA GGGCUUCACA CAUGCUACAA UGGCCGGUAC AAAGGGCUGC GAUGCCGUGA GGUGGAGCGA AUCCUUUCAA AGCCGGUCUC AGUUCGGAUC GGGGUCUGCA ACUCGACCCC GUGAAGUCGG AGUCGCUAGU AAUCGCAGAU CAGCAACGCU GCGGUGAAUA CGUUCCCGGG CCUUGUACAC ACCGCCCGUC ACGUCAUGAA AGUCGGUAAC ACCCGAAGCC GGUGGCCUAA CCCUUGUGGA GGGAGCCGUC GAAGGUGGGA UCGGCGAUUG GGACGAAGUC GUAACAAGGU AGCCGUACCG GAAGGUGCGG CUGGAUCACC UCCUUUCU
分子量理論値: 495.373656 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #3: タンパク質, Conserved domain protein

タンパク質名称: Conserved domain proteinタンパク質ドメイン / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 4.1643 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #4: タンパク質, 30S ribosomal protein S3

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 30.191227 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #5: タンパク質, 30S ribosomal protein S4

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 23.415787 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #6: タンパク質, 30S ribosomal protein S5

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.94609 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #7: タンパク質, 30S ribosomal protein S6

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.991637 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #8: タンパク質, 30S ribosomal protein S7

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.660375 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #9: タンパク質, 30S ribosomal protein S8

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.492638 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #10: タンパク質, 30S ribosomal protein S9

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S9 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.794365 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #11: タンパク質, 30S ribosomal protein S10

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.454313 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #12: タンパク質, 30S ribosomal protein S11

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S11 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.671762 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #13: タンパク質, 30S ribosomal protein S12

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S12 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.896366 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #14: タンパク質, 30S ribosomal protein S13

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S13 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.249619 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #15: タンパク質, 30S ribosomal protein S14 type Z

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S14 type Zリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.976409 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #16: タンパク質, 30S ribosomal protein S15

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S15 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.368097 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #17: タンパク質, 30S ribosomal protein S16

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S16 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.795207 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #18: タンパク質, 30S ribosomal protein S17

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S17 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.127002 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #19: タンパク質, 30S ribosomal protein S18 2

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S18 2リボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.524188 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #20: タンパク質, 30S ribosomal protein S19

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S19 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 10.800602 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #21: タンパク質, 30S ribosomal protein S20

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S20 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.556104 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #22: タンパク質, 30S ribosomal protein S2

タンパク質名称: 30S ribosomal protein S2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 30.14523 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #23: nucleic-acid, tRNA-Phe anticodon stem

核酸名称: tRNA-Phe anticodon stem / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
AGGGGAUUGA AAAUCCCCG
分子量理論値: 6.140736 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #24: nucleic-acid, mRNA fragment

核酸名称: mRNA fragment / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
UUUUCU
分子量理論値: 1.791053 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #25: タンパク質, 50S ribosomal protein L31

タンパク質名称: 50S ribosomal protein L31 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 8.312485 kDa
由来生物種: Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

+
構成要素 #26: リガンド, MAGNESIUM ION

リガンド名称: MAGNESIUM ION / 個数: 217 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.430505 MDa

+
構成要素 #27: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: OTHER / 湿度: 96 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 20 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 100719.0 X (calibrated) / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: FEI FALCON II (4k x 4k)

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画像取得

画像取得詳細: FEI EPU data collection

-
画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 224584
3次元再構成ソフトウェア: RELION / CTF補正: CTF correction in Relion / 解像度: 3.45 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

得られたモデル

+
万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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