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- EMDB-30485: SARS-CoV-2 spike protein RBD and P17 fab complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30485
タイトルSARS-CoV-2 spike protein RBD and P17 fab complex
マップデータ
試料Local reconstruction of SARS-CoV-2 spike protein and P17 Fab complex binding interface
  • SARS-CoV-2 spike protein
  • P17 Fab
  • Spike glycoproteinスパイクタンパク質
  • heavy chain of P17 Fab
  • light chain of P17 Fab
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / suppression by virus of host type I interferon-mediated signaling pathway / viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) ...suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / suppression by virus of host type I interferon-mediated signaling pathway / viral entry into host cell / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / go:0009405: / host cell plasma membrane / virion membrane / integral component of membrane / identical protein binding
Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / in:ipr027400: / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like / Spike receptor binding domain superfamily, coronavirus / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal
スパイクタンパク質
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Wang X / Wang N
引用ジャーナル: Cell Res / : 2021
タイトル: Rational development of a human antibody cocktail that deploys multiple functions to confer Pan-SARS-CoVs protection.
著者: Hangping Yao / Yao Sun / Yong-Qiang Deng / Nan Wang / Yongcong Tan / Na-Na Zhang / Xiao-Feng Li / Chao Kong / Yan-Peng Xu / Qi Chen / Tian-Shu Cao / Hui Zhao / Xintian Yan / Lei Cao / Zhe Lv ...著者: Hangping Yao / Yao Sun / Yong-Qiang Deng / Nan Wang / Yongcong Tan / Na-Na Zhang / Xiao-Feng Li / Chao Kong / Yan-Peng Xu / Qi Chen / Tian-Shu Cao / Hui Zhao / Xintian Yan / Lei Cao / Zhe Lv / Dandan Zhu / Rui Feng / Nanping Wu / Wenhai Zhang / Yuhao Hu / Keda Chen / Rong-Rong Zhang / Qingyu Lv / Shihui Sun / Yunhua Zhou / Run Yan / Guan Yang / Xinglu Sun / Chanjuan Liu / Xiangyun Lu / Linfang Cheng / Hongying Qiu / Xing-Yao Huang / Tianhao Weng / Danrong Shi / Weidong Jiang / Junbin Shao / Lei Wang / Jie Zhang / Tao Jiang / Guojun Lang / Cheng-Feng Qin / Lanjuan Li / Xiangxi Wang /
要旨: Structural principles underlying the composition and synergistic mechanisms of protective monoclonal antibody cocktails are poorly defined. Here, we exploited antibody cooperativity to develop a ...Structural principles underlying the composition and synergistic mechanisms of protective monoclonal antibody cocktails are poorly defined. Here, we exploited antibody cooperativity to develop a therapeutic antibody cocktail against SARS-CoV-2. On the basis of our previously identified humanized cross-neutralizing antibody H014, we systematically analyzed a fully human naive antibody library and rationally identified a potent neutralizing antibody partner, P17, which confers effective protection in animal model. Cryo-EM studies dissected the nature of the P17 epitope, which is SARS-CoV-2 specific and distinctly different from that of H014. High-resolution structure of the SARS-CoV-2 spike in complex with H014 and P17, together with functional investigations revealed that in a two-antibody cocktail, synergistic neutralization was achieved by S1 shielding and conformational locking, thereby blocking receptor attachment and viral membrane fusion, conferring high potency as well as robustness against viral mutation escape. Furthermore, cluster analysis identified a hypothetical 3rd antibody partner for further reinforcing the cocktail as pan-SARS-CoVs therapeutics.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年8月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月16日-
マップ公開2020年12月16日-
更新2021年1月13日-
現状2021年1月13日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7cwo
  • 表面レベル: 0.013
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7cwo
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30485.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å
1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å
1.04 Å/pix.
x 200 pix.
= 208. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.04 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0115 / ムービー #1: 0.013
最小 - 最大-0.031510204 - 0.050538182
平均 (標準偏差)0.00027938996 (±0.0020769695)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 208.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.041.041.04
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z208.000208.000208.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ360360360
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0320.0510.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Local reconstruction of SARS-CoV-2 spike protein and P17 Fab comp...

全体名称: Local reconstruction of SARS-CoV-2 spike protein and P17 Fab complex binding interface
構成要素数: 6

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構成要素 #1: タンパク質, Local reconstruction of SARS-CoV-2 spike protein and P17 F...

タンパク質名称: Local reconstruction of SARS-CoV-2 spike protein and P17 Fab complex binding interface
組換発現: No

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構成要素 #2: タンパク質, SARS-CoV-2 spike protein

タンパク質名称: SARS-CoV-2 spike protein / 組換発現: No
由来生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト) / 発現系の細胞: HEK293

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構成要素 #3: タンパク質, P17 Fab

タンパク質名称: P17 Fab / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト) / 発現系の細胞: HEK293

+
構成要素 #4: タンパク質, Spike glycoprotein

タンパク質名称: Spike glycoproteinスパイクタンパク質 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 141.297422 kDa
由来生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #5: タンパク質, heavy chain of P17 Fab

タンパク質名称: heavy chain of P17 Fab / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.165724 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #6: タンパク質, light chain of P17 Fab

タンパク質名称: light chain of P17 Fab / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.622839 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 60 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: DARK FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 249308
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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