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- EMDB-30074: cryo-EM structure of Scap/Insig complex in the present of 25-hydr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-30074
タイトルcryo-EM structure of Scap/Insig complex in the present of 25-hydroxyl cholesterol.
マップデータ
試料Scap and Insig complex
  • Insulin-induced gene 2 protein
  • Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein,Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
  • ligandリガンド
機能・相同性
機能・相同性情報


go:0045716: / SREBP-SCAP complex retention in endoplasmic reticulum / SREBP-SCAP-Insig complex / SREBP signaling pathway / regulation of fatty acid biosynthetic process / sterol binding / COPII-coated vesicle cargo loading / cellular lipid metabolic process / sterol biosynthetic process / positive regulation of cholesterol biosynthetic process ...go:0045716: / SREBP-SCAP complex retention in endoplasmic reticulum / SREBP-SCAP-Insig complex / SREBP signaling pathway / regulation of fatty acid biosynthetic process / sterol binding / COPII-coated vesicle cargo loading / cellular lipid metabolic process / sterol biosynthetic process / positive regulation of cholesterol biosynthetic process / oxysterol binding / negative regulation of cholesterol biosynthetic process / cholesterol biosynthetic process / response to insulin / cholesterol metabolic process / ER to Golgi transport vesicle membrane / cellular response to insulin stimulus / unfolded protein binding / response to hypoxia / 老化 / 免疫応答 / ゴルジ体 / endoplasmic reticulum membrane / protein-containing complex binding / ゴルジ体 / 小胞体 / protein-containing complex / integral component of membrane
Sterol-sensing domain / WD40 repeat, conserved site / WD40-repeat-containing domain superfamily / Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / Insulin-induced protein family / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / WD40-repeat-containing domain / WD40リピート
Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein / Insulin-induced gene 2 protein
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Yan R / Cao P / Song W / Qian H / Du X / Coates HW / Zhao X / Li Y / Gao S / Gong X ...Yan R / Cao P / Song W / Qian H / Du X / Coates HW / Zhao X / Li Y / Gao S / Gong X / Liu X / Sui J / Lei J / Yang H / Brown AJ / Zhou Q / Yan C / Yan N
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number
Ministry of Science and Technology (MoST, China) 中国
引用ジャーナル: Science / : 2021
タイトル: A structure of human Scap bound to Insig-2 suggests how their interaction is regulated by sterols.
著者: Renhong Yan / Pingping Cao / Wenqi Song / Hongwu Qian / Ximing Du / Hudson W Coates / Xin Zhao / Yaning Li / Shuai Gao / Xin Gong / Ximing Liu / Jianhua Sui / Jianlin Lei / Hongyuan Yang / ...著者: Renhong Yan / Pingping Cao / Wenqi Song / Hongwu Qian / Ximing Du / Hudson W Coates / Xin Zhao / Yaning Li / Shuai Gao / Xin Gong / Ximing Liu / Jianhua Sui / Jianlin Lei / Hongyuan Yang / Andrew J Brown / Qiang Zhou / Chuangye Yan / Nieng Yan /
要旨: The sterol regulatory element-binding protein (SREBP) pathway controls cellular homeostasis of sterols. The key players in this pathway, Scap and Insig-1 and -2, are membrane-embedded sterol sensors. ...The sterol regulatory element-binding protein (SREBP) pathway controls cellular homeostasis of sterols. The key players in this pathway, Scap and Insig-1 and -2, are membrane-embedded sterol sensors. The 25-hydroxycholesterol (25HC)-dependent association of Scap and Insig acts as the master switch for the SREBP pathway. Here, we present cryo-electron microscopy analysis of the human Scap and Insig-2 complex in the presence of 25HC, with the transmembrane (TM) domains determined at an average resolution of 3.7 angstrom. The sterol-sensing domain in Scap and all six TMs in Insig-2 were resolved. A 25HC molecule is sandwiched between the S4 to S6 segments in Scap and TMs 3 and 4 in Insig-2 in the luminal leaflet of the membrane. Unwinding of the middle of the Scap-S4 segment is crucial for 25HC binding and Insig association.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年3月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2021年3月17日-
現状2021年3月17日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6m49
  • 表面レベル: 0.85
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6m49
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_30074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 200 pix.
= 217.4 Å
1.09 Å/pix.
x 200 pix.
= 217.4 Å
1.09 Å/pix.
x 200 pix.
= 217.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.087 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.85 / ムービー #1: 0.85
最小 - 最大-2.7098722 - 3.9443238
平均 (標準偏差)0.0070932517 (±0.10552889)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 217.40001 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0871.0871.087
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z217.400217.400217.400
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-2.7103.9440.007

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_30074_additional_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 Scap and Insig complex

全体名称: Scap and Insig complex / 構成要素数: 4

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構成要素 #1: タンパク質, Scap and Insig complex

タンパク質名称: Scap and Insig complex / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト) / 発現系の細胞: HEK293F

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構成要素 #2: タンパク質, Insulin-induced gene 2 protein

タンパク質名称: Insulin-induced gene 2 protein / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.74966 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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構成要素 #3: タンパク質, Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activat...

タンパク質名称: Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein,Sterol regulatory element-binding protein cleavage-activating protein
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 63.295406 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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構成要素 #4: リガンド, 25-HYDROXYCHOLESTEROL

リガンド名称: 25-HYDROXYCHOLESTEROL / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.402653 kDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 10 mg/mL / pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 50 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: OTHER

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 153168
3次元再構成解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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