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- EMDB-22915: Structure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the ACE2 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-22915
タイトルStructure of the SARS-CoV-2 S 6P trimer in complex with the ACE2 protein decoy, CTC-445.2 (State 4)
マップデータ
試料Ternary complex of CTC445.2 inhibitor with SARS-CoV-2 S 6P glycoprotin
  • Spike glycoproteinスパイクタンパク質
  • (CTC-445.2 inhibitor) x 2
  • SARS-CoV-2 stabilized 6P spike glycoprotein
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.2 Å
データ登録者Barnes CO / Bjorkman PJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)P01-AI13893 米国
引用ジャーナル: Science / : 2020
タイトル: De novo design of potent and resilient hACE2 decoys to neutralize SARS-CoV-2.
著者: Thomas W Linsky / Renan Vergara / Nuria Codina / Jorgen W Nelson / Matthew J Walker / Wen Su / Christopher O Barnes / Tien-Ying Hsiang / Katharina Esser-Nobis / Kevin Yu / Z Beau Reneer / ...著者: Thomas W Linsky / Renan Vergara / Nuria Codina / Jorgen W Nelson / Matthew J Walker / Wen Su / Christopher O Barnes / Tien-Ying Hsiang / Katharina Esser-Nobis / Kevin Yu / Z Beau Reneer / Yixuan J Hou / Tanu Priya / Masaya Mitsumoto / Avery Pong / Uland Y Lau / Marsha L Mason / Jerry Chen / Alex Chen / Tania Berrocal / Hong Peng / Nicole S Clairmont / Javier Castellanos / Yu-Ru Lin / Anna Josephson-Day / Ralph S Baric / Deborah H Fuller / Carl D Walkey / Ted M Ross / Ryan Swanson / Pamela J Bjorkman / Michael Gale / Luis M Blancas-Mejia / Hui-Ling Yen / Daniel-Adriano Silva /
要旨: We developed a de novo protein design strategy to swiftly engineer decoys for neutralizing pathogens that exploit extracellular host proteins to infect the cell. Our pipeline allowed the design, ...We developed a de novo protein design strategy to swiftly engineer decoys for neutralizing pathogens that exploit extracellular host proteins to infect the cell. Our pipeline allowed the design, validation, and optimization of de novo human angiotensin-converting enzyme 2 (hACE2) decoys to neutralize severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2). The best monovalent decoy, CTC-445.2, bound with low nanomolar affinity and high specificity to the receptor-binding domain (RBD) of the spike protein. Cryo-electron microscopy (cryo-EM) showed that the design is accurate and can simultaneously bind to all three RBDs of a single spike protein. Because the decoy replicates the spike protein target interface in hACE2, it is intrinsically resilient to viral mutational escape. A bivalent decoy, CTC-445.2d, showed ~10-fold improvement in binding. CTC-445.2d potently neutralized SARS-CoV-2 infection of cells in vitro, and a single intranasal prophylactic dose of decoy protected Syrian hamsters from a subsequent lethal SARS-CoV-2 challenge.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年10月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年11月11日-
マップ公開2020年11月11日-
更新2020年12月16日-
現状2020年12月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_22915.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 307.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.87 Å/pix.
x 432 pix.
= 375.408 Å
0.87 Å/pix.
x 432 pix.
= 375.408 Å
0.87 Å/pix.
x 432 pix.
= 375.408 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.869 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.08 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-0.15571928 - 0.42862618
平均 (標準偏差)-0.00012291921 (±0.017386626)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions432432432
Spacing432432432
セルA=B=C: 375.40802 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.8690.8690.869
M x/y/z432432432
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z375.408375.408375.408
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-300-300-300
NX/NY/NZ600600600
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS432432432
D min/max/mean-0.1560.429-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Ternary complex of CTC445.2 inhibitor with SARS-CoV-2 S 6P glycoprotin

全体名称: Ternary complex of CTC445.2 inhibitor with SARS-CoV-2 S 6P glycoprotin
構成要素数: 5

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構成要素 #1: タンパク質, Ternary complex of CTC445.2 inhibitor with SARS-CoV-2 S 6P...

タンパク質名称: Ternary complex of CTC445.2 inhibitor with SARS-CoV-2 S 6P glycoprotin
組換発現: No
分子量実験値: 600 kDa

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構成要素 #2: タンパク質, Spike glycoprotein

タンパク質名称: Spike glycoproteinスパイクタンパク質 / 組換発現: No
由来生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #3: タンパク質, CTC-445.2 inhibitor

タンパク質名称: CTC-445.2 inhibitor / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

+
構成要素 #4: タンパク質, SARS-CoV-2 stabilized 6P spike glycoprotein

タンパク質名称: SARS-CoV-2 stabilized 6P spike glycoprotein / 組換発現: No
由来生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #5: タンパク質, CTC-445.2 inhibitor

タンパク質名称: CTC-445.2 inhibitor / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 3 mg/mL / pH: 8
支持膜0.2 mA
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 295 K / 湿度: 100 % / 詳細: 3s blot, 0 blot force.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TALOS ARCTICA / 詳細: 3x3 beam tilt collection
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 60 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 45000 X (nominal) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 800.0 - 2000.0 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: OTHER

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 2250

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 37342
3次元再構成ソフトウェア: cryoSPARC / 解像度: 4.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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