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- EMDB-21530: Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-I... -

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データベース: EMDB / ID: EMD-21530
タイトルStructure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2)
マップデータ
試料Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2)
  • (nucleic-acid核酸) x 2
  • uS2
  • eS1
  • uS5
  • eS4
  • eS6
  • eS7
  • eS8
  • uS4
  • uS17
  • uS15
  • uS11
  • eS21
  • uS8
  • uS12
  • eS24
  • eS26
  • eS27
  • eS30
  • uS3
  • uS7
  • eS10
  • eS12
  • uS19
  • uS9
  • eS17
  • uS13
  • eS19
  • uS10
  • eS25
  • eS28
  • eS29
  • eS31
  • RACK1Receptor for activated C kinase 1
  • (Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ...) x 9
  • (ligandリガンド) x 2
機能・相同性
機能・相同性情報


cap-dependent translational initiation / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / mRNA cap binding / IRES-dependent viral translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex ...cap-dependent translational initiation / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / mRNA cap binding / IRES-dependent viral translational initiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / laminin receptor activity / oxidized pyrimidine DNA binding / negative regulation of DNA repair / response to TNF agonist / positive regulation of base-excision repair / positive regulation of DNA N-glycosylase activity / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / regulation of translational initiation / NF-kappaB complex / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / oxidized purine DNA binding / protein kinase A binding / supercoiled DNA binding / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / positive regulation of activated T cell proliferation / spindle assembly / positive regulation of JUN kinase activity / isopeptidase activity / ribosomal small subunit biogenesis / translation initiation factor binding / ポリソーム / positive regulation of microtubule polymerization / laminin binding / cellular response to leukemia inhibitory factor / Hsp70 protein binding / translation initiation factor activity / polysomal ribosome / negative regulation of protein ubiquitination / endodeoxyribonuclease activity / positive regulation of interleukin-2 production / ribosomal small subunit assembly / 紡錘体 / ruffle membrane / Hsp90 protein binding / 核小体 / small ribosomal subunit rRNA binding / chromosome segregation / DNA damage response, detection of DNA damage / PML body / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / metallopeptidase activity / rRNA processing / cellular response to hydrogen peroxide / positive regulation of NIK/NF-kappaB signaling / cytoplasmic translation / ribosome binding / cellular response to tumor necrosis factor / thiol-dependent deubiquitinase / cytosolic small ribosomal subunit / small ribosomal subunit / ミトコンドリア内膜 / microtubule binding / negative regulation of translation / リボソーム / rRNA binding / structural constituent of ribosome / postsynaptic density / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / ミトコンドリアマトリックス / protein deubiquitination / 細胞分化 / 翻訳 (生物学) / 細胞分裂 / シナプス / mRNA binding / transcription factor binding / apoptotic process / protein-containing complex binding / 核小体 / protein kinase binding / ゴルジ体 / 小胞体 / RNA binding / zinc ion binding / 核質 / 細胞膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質
Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S3Ae / WD40リピート / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S13 / Ribosomal protein S11 ...Ribosomal protein S12/S23 / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S3Ae / WD40リピート / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S13 / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S27a / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S14 / Plectin/S10, N-terminal / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S17/S11 / Ribosomal protein S28e / Ribosomal protein S12e / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S27 / Ubiquitin-like domain / Ribosomal protein S8 / Proteasome component (PCI) domain / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S5 / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S10, conserved site / Translation initiation factor 3, subunit 12, N-terminal, eukaryotic / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein L2, domain 2 / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / K homology domain-like, alpha/beta / Armadillo-type fold / Ribosomal protein L23/L15e core domain superfamily / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / WD40-repeat-containing domain / Ribosomal protein S4, conserved site / Ribosomal S24e conserved site / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / KOW / Ribosomal protein S30 / Nucleic acid-binding, OB-fold / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C, N-terminal domain / K homology domain superfamily, prokaryotic type / S15/NS1, RNA-binding / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Ribosomal protein S13-like, H2TH / Zinc-binding ribosomal protein / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S7 domain / 40S Ribosomal protein S10 / RNA-binding S4 domain superfamily / Ribosomal protein S11 superfamily / Rpn11/EIF3F, C-terminal / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S2, eukaryotic / 40S ribosomal protein SA / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S10 domain superfamily
40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S15a / 40S ribosomal protein S28 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S17 ...40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S15a / 40S ribosomal protein S28 / 40S ribosomal protein S8 / 40S ribosomal protein S4 / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S19 / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S17 / S10_plectin domain-containing protein / 40S ribosomal protein S11 / 40S ribosomal protein SA / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S15 / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S29 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein S27a / 40S ribosomal protein S25 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / 40S ribosomal protein S9 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L / 40S ribosomal protein S12 / Uncharacterized protein / 40S ribosomal protein S20 / WD_REPEATS_REGION domain-containing protein / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S3a / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S23 / 40S ribosomal protein S24 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
生物種Oryctolagus cuniculus (ウサギ) / Rabbit (ウサギ) / Cricket paralysis virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.36 Å
データ登録者Neupane R / Pisareva V / Rodriguez CF / Pisarev A / Fernandez IS
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM097014 米国
引用ジャーナル: Elife / : 2020
タイトル: A complex IRES at the 5'-UTR of a viral mRNA assembles a functional 48S complex via an uAUG intermediate.
著者: Ritam Neupane / Vera P Pisareva / Carlos F Rodriguez / Andrey V Pisarev / Israel S Fernández /
要旨: Taking control of the cellular apparatus for protein production is a requirement for virus progression. To ensure this control, diverse strategies of cellular mimicry and/or ribosome hijacking have ...Taking control of the cellular apparatus for protein production is a requirement for virus progression. To ensure this control, diverse strategies of cellular mimicry and/or ribosome hijacking have evolved. The initiation stage of translation is especially targeted as it involves multiple steps and the engagement of numerous initiation factors. The use of structured RNA sequences, called nternal ibosomal ntry ites (IRES), in viral RNAs is a widespread strategy for the exploitation of eukaryotic initiation. Using a combination of electron cryo-microscopy (cryo-EM) and reconstituted translation initiation assays with native components, we characterized how a novel IRES at the 5'-UTR of a viral RNA assembles a functional initiation complex via an uAUG intermediate. The IRES features a novel extended, multi-domain architecture, that circles the 40S head. The structures and accompanying functional data illustrate the importance of 5'-UTR regions in translation regulation and underline the relevance of the untapped diversity of viral IRESs.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年3月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年4月22日-
マップ公開2020年4月22日-
更新2020年11月25日-
現状2020年11月25日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(高さに従い着色)
  • 表面レベル: 0.018
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6w2t
  • 表面レベル: 0.018
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_21530.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424.2 Å
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424.2 Å
1.06 Å/pix.
x 400 pix.
= 424.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0605 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.10054721 - 0.1714331
平均 (標準偏差)0.00037778862 (±0.0043628775)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 424.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.06051.06051.0605
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z424.200424.200424.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1010.1710.000

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添付データ

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セグメンテーションマップ: #1

ファイルemd_21530_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: Unsharpened map before post-processing for Class 2 (closed)

ファイルemd_21530_additional.map
注釈Unsharpened map before post-processing for Class 2 (closed)
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: Half map 2 for Class 2 (closed)

ファイルemd_21530_half_map_1.map
注釈Half map 2 for Class 2 (closed)
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map 1 for Class 2 (closed)

ファイルemd_21530_half_map_2.map
注釈Half map 1 for Class 2 (closed)
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-I...

全体名称: Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2)
構成要素数: 47

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構成要素 #1: タンパク質, Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV ...

タンパク質名称: Structure of the Cricket Paralysis Virus 5-UTR IRES (CrPV 5-UTR-IRES) bound to the small ribosomal subunit in the closed state (Class 2)
組換発現: No
由来生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
構成要素 #2: nucleic-acid, 18S rRNA

核酸名称: 18S rRNA18S ribosomal RNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGCG AAUGGCUCAU UAAAUCAGUU AUGGUUCCUU UGGUCGCUCG ACUUGGAUAA CUGUGGUAAU UCUAGAGCUA AUACAUGCCG ...配列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGCG AAUGGCUCAU UAAAUCAGUU AUGGUUCCUU UGGUCGCUCG ACUUGGAUAA CUGUGGUAAU UCUAGAGCUA AUACAUGCCG ACGGGCGCUG ACCCCCUUCG CGGGGGGGAU GCGUGCAUUU AUCAGUGGUG ACUCUAGAUA ACCUCGGGCC GAUCGCACGC CCGGCGGCGA CGACCCAUUC GAACGUCUGC CCUAUCAACU UUCGAUGGUA GUCGCCGUGC CUACCAUGGU GACCACGGGU GACGGGGAAU CAGGGUUCGA UUCCGGAGAG GGAGCCUGAG AAACGGCUAC CACAUCCAAG GAAGGCAGCA GGCGCGCAAA UUACCCACUC CCGACCCGGG GAGGUAGUGA CGAAAAAUAA CAAUACAGGA CUCUUUCGAG GCCCUGUAAU UGGAAUGAGU CCACUUUAAA UCCUUUAACG AGGAUCCAUU GGAGGGCAAG UCUGGUGCCA GCAGCCGCGG UAAUUCCAGC UCCAAUAGCG UAUAUUAAAG UUGCUGCAGU UAAAAAGCUC GUAGUUGGAU CUUGGGAGCG GCCGUCCCCU GCUCGGCGCC GGCCCGAAGC GUUUACUUUG AAAAAAUUAG AGUGUUCAAA GCAGGCCGCC UGGAUACCGC AGCUAGGAAU AAUGGAAUAG GACCGCGGUU CUAUUUUGUU GGUUUUCGGA ACUGAGGCCA UGAUUAAGAG GGACGGCCGG GGGCAUUCGU AUUGCGCCGC UAGAGGUGAA AUUCUUGGAC CGGCGCAAGA CGGACCAGAG CGAAAGCAUU UGCCAAGAAU GUUUUCAUUA AUCAAGAACG AAAGUCGGAG GUUCGAAGAC GAUCAGAUAC CGUCGUAGUU CCGACCAUAA ACGAUGCCGA CCGGCGAUGC GGCGGCGUUA UUCCCAUGAC CCGCCGGGCA GCUUCCGGGA AACCAAAGUC UUUGGGUUCC GGGGGGAGUA UGGUUGCAAA GCUGAAACUU AAAGGAAUUG ACGGAAGGGC ACCACCAGGA GUGGAGCCUG CGGCUUAAUU UGACUCAACA CGGGAAACCU CACCCGGCCC GGACACGGAC AGGAUUGACA GAUUGAUAGC UCUUUCUCGA UUCCGUGGGU GGUGGUGCAU GGCCGUUCUU AGUUGGUGGA GCGAUUUGUC UGGUUAAUUC CGAUAACGAA CGAGACUCUG GCAUGCUAAC UAGUUACGCG ACCCCGGUCG GCGUAACUUC UUAGAGGGAC AAGUGGCGUU CAGCCACCCG AGAUUGAGCA AUAACAGGUC UGUGAUGCCC UUAGAUGUCC GGGGCUGCAC GCGCGCUACA CUGACUGGCU CAGCGUGUGC CUACCCUACG CCGGCAGGCG CGGGUAACCC GUUGAACCCC AUUCGUGAUG GGGAUCGGGG AUUGCAAUUA UUCCCCAUGA ACGAGGAAUU CCCAGUAAGU GCGGGUCAUA AGCUUGCGUU GAUUAAGUCC CUGCCCUUUG UACACACCGC CCGUCGCUAC UACCGAUUGG AUGGUUUAGU GAGGCCCUCG GAUCGGCCCC GCCGGGGUGC CCUGGCGGAG CGCUGAGAAG ACGGUCGAAC UUGACUAUCU AGAGGAAGUA AAAGUCGUAA CAAGGUUUCC GUAGGUGAAC CUGCGGAAGG AUCAUUA
分子量理論値: 547.733062 kDa
由来生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
構成要素 #3: タンパク質, uS2

タンパク質名称: uS2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 33.022055 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #4: タンパク質, eS1

タンパク質名称: eS1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 30.002061 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #5: タンパク質, uS5

タンパク質名称: uS5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 27.529238 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #6: タンパク質, eS4

タンパク質名称: eS4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.59683 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #7: タンパク質, eS6

タンパク質名称: eS6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.751906 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #8: タンパク質, eS7

タンパク質名称: eS7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.168914 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #9: タンパク質, eS8

タンパク質名称: eS8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.263387 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #10: タンパク質, uS4

タンパク質名称: uS4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.641564 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #11: タンパク質, uS17

タンパク質名称: uS17 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 18.468826 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #12: タンパク質, uS15

タンパク質名称: uS15 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.259389 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #13: タンパク質, uS11

タンパク質名称: uS11 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.302772 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #14: タンパク質, eS21

タンパク質名称: eS21 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.098287 kDa
由来生物種: Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

+
構成要素 #15: タンパク質, uS8

タンパク質名称: uS8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.865555 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #16: タンパク質, uS12

タンパク質名称: uS12 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.784549 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #17: タンパク質, eS24

タンパク質名称: eS24 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.548398 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #18: タンパク質, eS26

タンパク質名称: eS26 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.015506 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #19: タンパク質, eS27

タンパク質名称: eS27 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.480186 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #20: タンパク質, eS30

タンパク質名称: eS30 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.498884 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #21: タンパク質, uS3

タンパク質名称: uS3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 31.146607 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #22: タンパク質, uS7

タンパク質名称: uS7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.913453 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #23: タンパク質, eS10

タンパク質名称: eS10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.156865 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #24: タンパク質, eS12

タンパク質名称: eS12 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.538987 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #25: タンパク質, uS19

タンパク質名称: uS19 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.049182 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #26: タンパク質, uS9

タンパク質名称: uS9 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 19.213465 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #27: タンパク質, eS17

タンパク質名称: eS17 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.552119 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #28: タンパク質, uS13

タンパク質名称: uS13 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.759777 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #29: タンパク質, eS19

タンパク質名称: eS19 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.235796 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #30: タンパク質, uS10

タンパク質名称: uS10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.398763 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #31: タンパク質, eS25

タンパク質名称: eS25 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.776224 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #32: タンパク質, eS28

タンパク質名称: eS28 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.855052 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #33: タンパク質, eS29

タンパク質名称: eS29 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.690821 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #34: タンパク質, eS31

タンパク質名称: eS31 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 18.004041 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #35: タンパク質, RACK1

タンパク質名称: RACK1Receptor for activated C kinase 1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 35.115652 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #36: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 54.199863 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #37: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 37.84673 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #38: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 25.129709 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #39: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 71.001477 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #40: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 42.555832 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #41: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 164.902656 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #42: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 105.706156 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #43: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 64.517199 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

+
構成要素 #44: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 41.083531 kDa
由来生物種: Rabbit (ウサギ)

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構成要素 #45: nucleic-acid, CrPV 5'-UTR IRES

核酸名称: CrPV 5'-UTR IRES / クラス: RNA
詳細: Positions 211 to 220 are only modeled as a polyuridine stretch.
Structure: OTHER / 合成: No
配列: UUCGAUACCA AGAGCUGGUG UCUGAGGGAU UACGACUCGC GUGGUCGGAC AGCACAUGUU AGUCAUGUAU UAUGGUGUUU CCCAACACGU AUCUUUGCUC UAGUAUUGAA CUUUAGUGAU GAGUGUACUU GGCAUGUACA CCUGAUUAGU UAGCCCUUGU GGAUACGCCA ...配列:
UUCGAUACCA AGAGCUGGUG UCUGAGGGAU UACGACUCGC GUGGUCGGAC AGCACAUGUU AGUCAUGUAU UAUGGUGUUU CCCAACACGU AUCUUUGCUC UAGUAUUGAA CUUUAGUGAU GAGUGUACUU GGCAUGUACA CCUGAUUAGU UAGCCCUUGU GGAUACGCCA CUGCCGCUCA GGUACAGUAG GACAUACCCC AAAUAUUGGG UUUUUUUUUU AGAGAAGAAA AUUAGUGGCG AAACGUACGG UUUAUGUCAA AGGAGAAGGU GAUUUUAAUU GCACCUGAAG CAACCCUAGG UCUUCCCUUU GAUGUGAGCU AAUAAGGAGU AACCGAUUCU UACAAUGUGA UCAUGUCUUU UCAACAAACA AAGGAUC
分子量理論値: 121.094953 kDa
由来生物種: Cricket paralysis virus (ウイルス)

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構成要素 #46: リガンド, MAGNESIUM ION

リガンド名称: MAGNESIUM ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.430505 MDa

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構成要素 #47: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277.15 K / 湿度: 100 %
詳細: Grids were blotted for 2.5s and flash cooled in liquid ethane.

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 56.9 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 23444
詳細: The microscope was equipped with an energy filter with slits aperture of 20eV, installed before the detector.
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 3.36 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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