[日本語] English
- EMDB-20161: The central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex e... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20161
タイトルThe central pair apparatus focusing on the C1a-e-c supercomplex extracted from the cryo-electron tomography and subtomographic average of isolated Chlamydomonas fap92 mutant axoneme
マップデータ
試料The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from Chlamydomonas fap92 mutant cilia
生物種Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22 Å
データ登録者Fu G / Nicastro D
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM083122 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR37GM030626 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR01GM112050 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical SciencesR35GM122574 米国
引用ジャーナル: J Cell Biol / : 2019
タイトル: Structural organization of the C1a-e-c supercomplex within the ciliary central apparatus.
著者: Gang Fu / Lei Zhao / Erin Dymek / Yuqing Hou / Kangkang Song / Nhan Phan / Zhiguo Shang / Elizabeth F Smith / George B Witman / Daniela Nicastro /
要旨: Nearly all motile cilia contain a central apparatus (CA) composed of two connected singlet microtubules with attached projections that play crucial roles in regulating ciliary motility. Defects in CA ...Nearly all motile cilia contain a central apparatus (CA) composed of two connected singlet microtubules with attached projections that play crucial roles in regulating ciliary motility. Defects in CA assembly usually result in motility-impaired or paralyzed cilia, which in humans causes disease. Despite their importance, the protein composition and functions of the CA projections are largely unknown. Here, we integrated biochemical and genetic approaches with cryo-electron tomography to compare the CA of wild-type with CA mutants. We identified a large (>2 MD) complex, the C1a-e-c supercomplex, that requires the PF16 protein for assembly and contains the CA components FAP76, FAP81, FAP92, and FAP216. We localized these subunits within the supercomplex using nanogold labeling and show that loss of any one of them results in impaired ciliary motility. These data provide insight into the subunit organization and 3D structure of the CA, which is a prerequisite for understanding the molecular mechanisms by which the CA regulates ciliary beating.
履歴
登録2019年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年5月22日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2020年8月12日-
現状2020年8月12日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 118
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 118
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20161.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 3.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.52 Å/pix.
x 120 pix.
= 662.76 Å
5.52 Å/pix.
x 90 pix.
= 497.07 Å
5.52 Å/pix.
x 90 pix.
= 497.07 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.523 Å
密度
表面レベル登録者による: 118 / ムービー #1: 118
最小 - 最大108.80237 - 128.01767
平均 (標準偏差)116.49958 (±3.0013127)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-19-102-19
Dimensions9090120
Spacing9090120
セルA: 497.06998 Å / B: 497.06998 Å / C: 662.75995 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z5.5235.5235.523
M x/y/z9090120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z497.070497.070662.760
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ254265109
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-102-19-19
NC/NR/NS9090120
D min/max/mean108.802128.018116.500

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from ...

全体名称: The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from Chlamydomonas fap92 mutant cilia
構成要素数: 1

-
構成要素 #1: タンパク質, The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus average...

タンパク質名称: The C1a-e-c supercomplex of central pair apparatus averaged from Chlamydomonas fap92 mutant cilia
組換発現: No
由来生物種: Chlamydomonas reinhardtii (クラミドモナス)
由来(天然)Organelle: cilia

-
実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 細胞 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.4
支持膜unspecified
凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / 温度: 298 K
詳細: back-side blotting with No.1 Whatman filter for 1.5-2.5 seconds before plunging.

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 1.57 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 26000 X (calibrated) / 撮影モード: BRIGHT FIELD / エネルギーフィルター: GIF Bioquantum
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
画像解析

解析手法: サブトモグラム平均法 / サブトモグラムの数: 882
3次元再構成ソフトウェア: IMOD / 解像度: 22 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF

+
万見について

-
お知らせ

-
2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

-
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

+
2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る