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万見
- EMDB-12084: Cryo-EM map of the SARS-CoV-2 spike protein in complex with sybod... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12084
タイトルCryo-EM map of the SARS-CoV-2 spike protein in complex with sybody#15 in a 1up/1up-out/1down conformation.
マップデータ
試料SARS-CoV-2 spike protein in complex with sybody#15:
(SARS-CoV-2 spike ...) x 2 / (sybody#15) x 2
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4 Å
データ登録者Walter JD / Hutter CAJ / Garaeva AA / Scherer M / Zimmermann I / Wyss M / Rheinberger J / Ruedin Y / Earp JC / Egloff P ...Walter JD / Hutter CAJ / Garaeva AA / Scherer M / Zimmermann I / Wyss M / Rheinberger J / Ruedin Y / Earp JC / Egloff P / Sorgenfrei M / Huerlimann LM / Gonda I / Meier G / Remm S / Thavarasah S / Zimmer G / Slotboom DJ / Paulino C / Plattet P / Seeger MA
資金援助 オランダ, スイス, 3件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)722.017.001 オランダ
Swiss National Science Foundation4078P0_198314 スイス
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)740.018.016 オランダ
引用ジャーナル: bioRxiv / 年: 2020
タイトル: Highly potent bispecific sybodies neutralize SARS-CoV-2
著者: Walter JD / Hutter CAJ / Garaeva AA / Scherer M / Zimmermann I / Wyss M / Rheinberger J / Ruedin Y / Earp JC / Egloff P / Sorgenfrei M / Huerlimann LM / Gonda I / Meier G / Remm S / ...著者: Walter JD / Hutter CAJ / Garaeva AA / Scherer M / Zimmermann I / Wyss M / Rheinberger J / Ruedin Y / Earp JC / Egloff P / Sorgenfrei M / Huerlimann LM / Gonda I / Meier G / Remm S / Thavarasah S / Zimmer G / Slotboom DJ / Paulino C / Plattet P / Seeger MA
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年12月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年12月23日-
マップ公開2020年12月23日-
更新2020年12月23日-
現状2020年12月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12084.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12084.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.01 Å/pix.
x 400 pix.
= 404.8 Å		1.01 Å/pix.
x 400 pix.
= 404.8 Å		1.01 Å/pix.
x 400 pix.
= 404.8 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.012 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.03975372 - 0.10036322
平均 (標準偏差)0.00020441359 (±0.0030889085)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 404.8 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0121.0121.012
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z404.800404.800404.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.0400.1000.000

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添付データ

-
セグメンテーションマップ: #1

ファイルemd_12084_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map 1 used for post processing step and...

ファイルemd_12084_half_map_1.map
注釈half-map 1 used for post processing step and FSC resolution calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half-map 2 used for post processing step and...

ファイルemd_12084_half_map_2.map
注釈half-map 2 used for post processing step and FSC resolution calculation.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

+
全体 SARS-CoV-2 spike protein in complex with sybody#15

全体名称: SARS-CoV-2 spike protein in complex with sybody#15 / 構成要素数: 5

+
構成要素 #1: タンパク質, SARS-CoV-2 spike protein in complex with sybody#15

タンパク質名称: SARS-CoV-2 spike protein in complex with sybody#15 / 組換発現: No

+
構成要素 #2: タンパク質, SARS-CoV-2 spike protein

タンパク質名称: SARS-CoV-2 spike protein / 組換発現: No
由来生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #3: タンパク質, sybody#15

タンパク質名称: sybody#15 / 組換発現: No
由来生物種: synthetic construct (人工物)
由来(合成)発現系: synthetic construct (人工物)

+
構成要素 #4: タンパク質, SARS-CoV-2 spike protein

タンパク質名称: SARS-CoV-2 spike protein / 組換発現: No
由来生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #5: タンパク質, sybody#15

タンパク質名称: sybody#15 / 組換発現: No
由来生物種: synthetic construct (人工物)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 0.75 mg/mL / 緩衝液: 2 mM Tris-HCl pH 8.0, 200 mM NaCl / pH: 8
支持膜at 15mA
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: OTHER / 温度: 288 K / 湿度: 100 %

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TALOS ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射量: 53 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 130000 X (nominal), 49407 X (calibrated) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 300.0 - 2000.0 nm / エネルギーフィルター: GIF Bioquantum
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / 温度: (90.0 - 105.0 K)
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像取得

画像取得デジタル画像の数: 2235

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 22055
３次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

モデリング #1精密化に使用した空間: REAL
利用したPDBモデル: 6X2B, 3K1K

6x2b

3k1k

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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