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- EMDB-11946: Axonemal 96nm-repeat from active sperm flagella of wild type mous... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11946
タイトルAxonemal 96nm-repeat from active sperm flagella of wild type mouse. Reconstruction obtained with cryo-ET and sub-tomogram averaging.
マップデータ
試料Axonemal 96nm-repeat
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 24 Å
データ登録者Gadadhar S / Alvarez Viar G / Hansen JN / Gong A / Kostarev A / Ialy-Radio C / Leboucher S / Whitfield M / Ziyyat A / Toure A ...Gadadhar S / Alvarez Viar G / Hansen JN / Gong A / Kostarev A / Ialy-Radio C / Leboucher S / Whitfield M / Ziyyat A / Toure A / Alvarez L / Pigino G / Janke C
資金援助1件
OrganizationGrant number
European Research Council (ERC)819826
引用ジャーナル: Science / : 2021
タイトル: Tubulin glycylation controls axonemal dynein activity, flagellar beat, and male fertility.
著者: Sudarshan Gadadhar / Gonzalo Alvarez Viar / Jan Niklas Hansen / An Gong / Aleksandr Kostarev / Côme Ialy-Radio / Sophie Leboucher / Marjorie Whitfield / Ahmed Ziyyat / Aminata Touré / Luis ...著者: Sudarshan Gadadhar / Gonzalo Alvarez Viar / Jan Niklas Hansen / An Gong / Aleksandr Kostarev / Côme Ialy-Radio / Sophie Leboucher / Marjorie Whitfield / Ahmed Ziyyat / Aminata Touré / Luis Alvarez / Gaia Pigino / Carsten Janke /
要旨: Posttranslational modifications of the microtubule cytoskeleton have emerged as key regulators of cellular functions, and their perturbations have been linked to a growing number of human pathologies. ...Posttranslational modifications of the microtubule cytoskeleton have emerged as key regulators of cellular functions, and their perturbations have been linked to a growing number of human pathologies. Tubulin glycylation modifies microtubules specifically in cilia and flagella, but its functional and mechanistic roles remain unclear. In this study, we generated a mouse model entirely lacking tubulin glycylation. Male mice were subfertile owing to aberrant beat patterns of their sperm flagella, which impeded the straight swimming of sperm cells. Using cryo-electron tomography, we showed that lack of glycylation caused abnormal conformations of the dynein arms within sperm axonemes, providing the structural basis for the observed dysfunction. Our findings reveal the importance of microtubule glycylation for controlled flagellar beating, directional sperm swimming, and male fertility.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年11月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年1月20日-
マップ公開2021年1月20日-
更新2021年1月20日-
現状2021年1月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 4.66
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 4.66
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11946.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
9.42 Å/pix.
x 88 pix.
= 829.136 Å
9.42 Å/pix.
x 160 pix.
= 1507.52 Å
9.42 Å/pix.
x 74 pix.
= 697.228 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 9.422 Å
密度
表面レベル登録者による: 4.66 / ムービー #1: 4.66
最小 - 最大-42.31181 - 45.27
平均 (標準偏差)0.7254494 (±8.373621)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin04346
Dimensions1607488
Spacing7416088
セルA: 697.22797 Å / B: 1507.52 Å / C: 829.136 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z9.4229.4229.422
M x/y/z7416088
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z697.2281507.520829.136
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS43046
NC/NR/NS7416088
D min/max/mean-42.31245.2700.725

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 Axonemal 96nm-repeat

全体名称: Axonemal 96nm-repeat
詳細: Axonemal 96nm-repeat from active sperm flagella of wild type mouse. Reconstruction obtained with cryo-ET and sub-tomogram averaging.
構成要素数: 1

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構成要素 #1: タンパク質, Axonemal 96nm-repeat

タンパク質名称: Axonemal 96nm-repeat
詳細: Axonemal 96nm-repeat from active sperm flagella of wild type mouse. Reconstruction obtained with cryo-ET and sub-tomogram averaging.
組換発現: No
由来生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / : Wild type
由来(天然)Organelle: flagellum / 臓器・器官・組織: Sperm cell

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 細胞 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.4
凍結凍結剤: OTHER

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電子顕微鏡撮影

撮影顕微鏡: FEI TITAN
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 100 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: サブトモグラム平均法 / サブトモグラムの数: 900
3次元再構成解像度: 24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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