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- EMDB-11728: SARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to nanobodies (Ty1) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11728
タイトルSARS-CoV-2 spike glycoprotein bound to nanobodies (Ty1)
マップデータ
試料SARS-CoV-2 spike glycoprotein with bound nanobodies (Ty1):
SARS-CoV-2 spike glycoprotein / Nanobody Ty1
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å
データ登録者Hallberg BM / Das H
引用
ジャーナル: Nat Commun / : 2020
タイトル: An alpaca nanobody neutralizes SARS-CoV-2 by blocking receptor interaction.
著者: Leo Hanke / Laura Vidakovics Perez / Daniel J Sheward / Hrishikesh Das / Tim Schulte / Ainhoa Moliner-Morro / Martin Corcoran / Adnane Achour / Gunilla B Karlsson Hedestam / B Martin ...著者: Leo Hanke / Laura Vidakovics Perez / Daniel J Sheward / Hrishikesh Das / Tim Schulte / Ainhoa Moliner-Morro / Martin Corcoran / Adnane Achour / Gunilla B Karlsson Hedestam / B Martin Hällberg / Ben Murrell / Gerald M McInerney /
要旨: SARS-CoV-2 enters host cells through an interaction between the spike glycoprotein and the angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) receptor. Directly preventing this interaction presents an attractive ...SARS-CoV-2 enters host cells through an interaction between the spike glycoprotein and the angiotensin converting enzyme 2 (ACE2) receptor. Directly preventing this interaction presents an attractive possibility for suppressing SARS-CoV-2 replication. Here, we report the isolation and characterization of an alpaca-derived single domain antibody fragment, Ty1, that specifically targets the receptor binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike, directly preventing ACE2 engagement. Ty1 binds the RBD with high affinity, occluding ACE2. A cryo-electron microscopy structure of the bound complex at 2.9 Å resolution reveals that Ty1 binds to an epitope on the RBD accessible in both the 'up' and 'down' conformations, sterically hindering RBD-ACE2 binding. While fusion to an Fc domain renders Ty1 extremely potent, Ty1 neutralizes SARS-CoV-2 spike pseudovirus as a 12.8 kDa nanobody, which can be expressed in high quantities in bacteria, presenting opportunities for manufacturing at scale. Ty1 is therefore an excellent candidate as an intervention against COVID-19.
#1: ジャーナル: BiorXiv / : 2020
タイトル: An alpaca nanobody neutralizes SARS-CoV-2 by blocking receptor interaction
著者: Hanke L / Vidakovics Perez L / Sheward DJ / Das H / Schulte T / Moliner-Morro A / Corcoran M / Achour A / Karlsson Hedestam G / Hallberg BM / Murrell B / McInerney GM
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年9月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年9月23日-
マップ公開2020年9月23日-
更新2020年9月23日-
現状2020年9月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11728.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 299.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 428 pix.
= 436.56 Å
1.02 Å/pix.
x 428 pix.
= 436.56 Å
1.02 Å/pix.
x 428 pix.
= 436.56 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.27 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.8010464 - 1.6954437
平均 (標準偏差)-0.00032490134 (±0.030576892)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions428428428
Spacing428428428
セルA=B=C: 436.56 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z428428428
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z436.560436.560436.560
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ428428428
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS428428428
D min/max/mean-0.8011.695-0.000

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添付データ

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セグメンテーションマップ: #1

ファイルemd_11728_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: locally sharpened map

ファイルemd_11728_half_map_1.map
注釈locally sharpened map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: half map 1

ファイルemd_11728_half_map_2.map
注釈half map 1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 SARS-CoV-2 spike glycoprotein with bound nanobodies (Ty1)

全体名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein with bound nanobodies (Ty1)
構成要素数: 3

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構成要素 #1: タンパク質, SARS-CoV-2 spike glycoprotein with bound nanobodies (Ty1)

タンパク質名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein with bound nanobodies (Ty1)
組換発現: No
分子量理論値: 470 kDa
由来生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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構成要素 #2: タンパク質, SARS-CoV-2 spike glycoprotein

タンパク質名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / 詳細: SARS-CoV-2 spike glycoprotein / 組換発現: No
由来生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

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構成要素 #3: タンパク質, Nanobody Ty1

タンパク質名称: Nanobody Ty1 / 組換発現: No
由来生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液試料濃度: 0.7 mg/mL / pH: 7
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 277 K / 湿度: 100 %
詳細: A 3-ul aliquot of the sample solution was applied 335to glow-discharged CryoMatrix holey grids with amorphous alloy film (Zhenjiang Lehua Technology) in 336a Vitrobot Mk IV (Thermo Fisher ...詳細: A 3-ul aliquot of the sample solution was applied 335to glow-discharged CryoMatrix holey grids with amorphous alloy film (Zhenjiang Lehua Technology) in 336a Vitrobot Mk IV (Thermo Fisher Scientific) at 4 degrees and 100% humidity (blot 10 s, blot force 3)..

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 38 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ倍率: 165000 X (nominal) / Cs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 300.0 - 2500.0 nm / エネルギーフィルター: GIF Quantum LS
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: OTHER

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 210832
3次元再構成ソフトウェア: cryoSPARC / 解像度: 2.93 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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