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- EMDB-11617: Cryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein bound to neutra... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-11617
タイトルCryo-EM structure of the SARS-CoV-2 spike protein bound to neutralizing sybodies (Sb23) 2-up conformation
マップデータ
試料SARS-CoV-2 spike glycoprotein in 1-up conformation bound by 3 neutralising Sybodies (Sb23)
  • (Spike glycoproteinスパイクタンパク質) x 2
  • (Neutralising sybody ...) x 2
  • ligandリガンド
機能・相同性
機能・相同性情報


suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / 小胞小管クラスター / viral translation / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / endocytic vesicle membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral protein processing ...suppression by virus of host tetherin activity / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / 小胞小管クラスター / viral translation / host cell surface receptor binding / endocytosis involved in viral entry into host cell / endocytic vesicle membrane / fusion of virus membrane with host plasma membrane / viral protein processing / suppression by virus of host type I interferon-mediated signaling pathway / fusion of virus membrane with host endosome membrane / エンベロープ (ウイルス) / viral entry into host cell / go:0009405: / 小胞体 / host cell plasma membrane / virion membrane / integral component of membrane / identical protein binding
Spike receptor binding domain superfamily, coronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, N-terminal domain, SARS-CoV-like / Spike glycoprotein S2 superfamily, coronavirus / Coronavirus spike glycoprotein S1, C-terminal / Spike glycoprotein, betacoronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, betacoronavirus / Spike glycoprotein S2, coronavirus / Spike (S) protein S1 subunit, receptor-binding domain, SARS-CoV-2 / in:ipr027400: / Spike glycoprotein S1, N-terminal domain, betacoronavirus-like
スパイクタンパク質
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Hallberg BM / Das H
引用ジャーナル: Nat Commun / : 2020
タイトル: Selection, biophysical and structural analysis of synthetic nanobodies that effectively neutralize SARS-CoV-2.
著者: Tânia F Custódio / Hrishikesh Das / Daniel J Sheward / Leo Hanke / Samuel Pazicky / Joanna Pieprzyk / Michèle Sorgenfrei / Martin A Schroer / Andrey Yu Gruzinov / Cy M Jeffries / Melissa A ...著者: Tânia F Custódio / Hrishikesh Das / Daniel J Sheward / Leo Hanke / Samuel Pazicky / Joanna Pieprzyk / Michèle Sorgenfrei / Martin A Schroer / Andrey Yu Gruzinov / Cy M Jeffries / Melissa A Graewert / Dmitri I Svergun / Nikolay Dobrev / Kim Remans / Markus A Seeger / Gerald M McInerney / Ben Murrell / B Martin Hällberg / Christian Löw /
要旨: The coronavirus SARS-CoV-2 is the cause of the ongoing COVID-19 pandemic. Therapeutic neutralizing antibodies constitute a key short-to-medium term approach to tackle COVID-19. However, traditional ...The coronavirus SARS-CoV-2 is the cause of the ongoing COVID-19 pandemic. Therapeutic neutralizing antibodies constitute a key short-to-medium term approach to tackle COVID-19. However, traditional antibody production is hampered by long development times and costly production. Here, we report the rapid isolation and characterization of nanobodies from a synthetic library, known as sybodies (Sb), that target the receptor-binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein. Several binders with low nanomolar affinities and efficient neutralization activity were identified of which Sb23 displayed high affinity and neutralized pseudovirus with an IC of 0.6 µg/ml. A cryo-EM structure of the spike bound to Sb23 showed that Sb23 binds competitively in the ACE2 binding site. Furthermore, the cryo-EM reconstruction revealed an unusual conformation of the spike where two RBDs are in the 'up' ACE2-binding conformation. The combined approach represents an alternative, fast workflow to select binders with neutralizing activity against newly emerging viruses.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年8月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年10月21日-
マップ公開2020年10月21日-
更新2020年11月18日-
現状2020年11月18日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図(断面を密度値に従い着色)
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図(円筒半径に従い着色)
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7a29
  • 表面レベル: 0.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11617.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.02 Å/pix.
x 600 pix.
= 612. Å
1.02 Å/pix.
x 600 pix.
= 612. Å
1.02 Å/pix.
x 600 pix.
= 612. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.02 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.174 / ムービー #1: 0.2
最小 - 最大-0.9396764 - 2.3658695
平均 (標準偏差)-0.00031092158 (±0.025100965)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 612.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.021.021.02
M x/y/z600600600
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z612.000612.000612.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ9482110
NX/NY/NZ11313776
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS600600600
D min/max/mean-0.9402.366-0.000

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添付データ

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追加マップ: Locally refined focussed map on the C and...

ファイルemd_11617_additional_1.map
注釈Locally refined focussed map on the C and F chain interaction. ResolveCryoEM from the Phenix suite generated the map from the respective half maps in the local refinement in CryoSparc.
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
ハーフマップ: Half map 2

ファイルemd_11617_half_map_1.map
注釈Half map 2
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: Half map 1

ファイルemd_11617_half_map_2.map
注釈Half map 1
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 SARS-CoV-2 spike glycoprotein in 1-up conformation bound by 3 neu...

全体名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in 1-up conformation bound by 3 neutralising Sybodies (Sb23)
構成要素数: 6

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構成要素 #1: タンパク質, SARS-CoV-2 spike glycoprotein in 1-up conformation bound b...

タンパク質名称: SARS-CoV-2 spike glycoprotein in 1-up conformation bound by 3 neutralising Sybodies (Sb23)
組換発現: No

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構成要素 #2: タンパク質, Spike glycoprotein

タンパク質名称: Spike glycoproteinスパイクタンパク質 / 組換発現: No
由来生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
由来(合成)発現系: Homo Sapiens (ヒト)

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構成要素 #3: タンパク質, Neutralising sybody (Sb23)

タンパク質名称: Neutralising sybody (Sb23) / 組換発現: No
由来生物種: synthetic construct (人工物)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #4: タンパク質, Spike glycoprotein

タンパク質名称: Spike glycoproteinスパイクタンパク質 / 個数: 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 142.399375 kDa
由来生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
由来(合成)発現系: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #5: タンパク質, Neutralising sybody (Sb23)

タンパク質名称: Neutralising sybody (Sb23) / 個数: 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 12.532897 kDa
由来生物種: synthetic construct (人工物)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #6: リガンド, 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

リガンド名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / 個数: 45 / 組換発現: No
分子量理論値: 0.221208 kDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: TFS KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 50 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズCs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 300.0 - 1100.0 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: OTHER

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 69567
3次元再構成ソフトウェア: cryoSPARC / 解像度: 2.94 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

モデリング #1精密化のプロトコル: flexible / 精密化に使用した空間: REAL
得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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