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- EMDB-11325: SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome compl... -

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データベース: EMDB / ID: EMD-11325
タイトルSARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 1
マップデータ
試料SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 1
  • Human 43S preinitiation ribosome complex
  • SARS-CoV-2 Nsp1
  • (40S ribosomal protein ...) x 31
  • 60S ribosomal protein L41
  • nucleic-acid核酸
  • Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a
  • Receptor of activated protein C kinase 1
  • (Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit ...) x 11
  • Unknown factor
  • Host translation inhibitor Nsp1
  • ligandリガンド
機能・相同性
機能・相同性情報


cap-dependent translational initiation / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / positive regulation of mRNA binding / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / mRNA cap binding / IRES-dependent viral translational initiation / deubiquitinase activity / multi-eIF complex ...cap-dependent translational initiation / viral translational termination-reinitiation / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3e / positive regulation of mRNA binding / eukaryotic translation initiation factor 3 complex, eIF3m / translation reinitiation / mRNA cap binding / IRES-dependent viral translational initiation / deubiquitinase activity / multi-eIF complex / eukaryotic translation initiation factor 3 complex / cytoplasmic translational initiation / eukaryotic 43S preinitiation complex / positive regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / nucleolus organization / protein tyrosine kinase inhibitor activity / positive regulation of gastrulation / positive regulation of Golgi to plasma membrane protein transport / negative regulation of RNA splicing / IRE1-RACK1-PP2A complex / response to extracellular stimulus / eukaryotic 48S preinitiation complex / ubiquitin ligase inhibitor activity / formation of cytoplasmic translation initiation complex / laminin receptor activity / cytoplasmic side of rough endoplasmic reticulum membrane / regulation of cell division / negative regulation of endoplasmic reticulum unfolded protein response / negative regulation of hydrogen peroxide-induced neuron death / negative regulation of DNA repair / response to TNF agonist / oxidized pyrimidine DNA binding / positive regulation of DNA N-glycosylase activity / positive regulation of base-excision repair / negative regulation of ubiquitin protein ligase activity / regulation of translational initiation / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in execution phase of apoptosis / erythrocyte homeostasis / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / positive regulation of ceramide biosynthetic process / mammalian oogenesis stage / NF-kappaB complex / negative regulation of phagocytosis / regulation of establishment of cell polarity / signaling adaptor activity / positive regulation of endodeoxyribonuclease activity / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / oxidized purine DNA binding / negative regulation of Wnt signaling pathway / activation-induced cell death of T cells / protein kinase A binding / supercoiled DNA binding / positive regulation of mitochondrial depolarization / translation regulator activity / endonucleolytic cleavage to generate mature 3'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / phagocytic cup / negative regulation of smoothened signaling pathway / ion channel inhibitor activity / ubiquitin-like protein conjugating enzyme binding / iron-sulfur cluster binding / positive regulation of cellular component movement / fibroblast growth factor binding / rescue of stalled ribosome / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of T cell receptor signaling pathway / poly(U) RNA binding / stress granule assembly / monocyte chemotaxis / DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase / class I DNA-(apurinic or apyrimidinic site) endonuclease activity / positive regulation of ubiquitin-protein transferase activity / BH3 domain binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of activated T cell proliferation / erythrocyte development / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / MTOR / ribosomal small subunit export from nucleus / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / maturation of SSU-rRNA / regulation of translational fidelity / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of respiratory burst involved in inflammatory response / negative regulation of protein kinase B signaling / T cell proliferation involved in immune response / small-subunit processome / spindle assembly / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / positive regulation of JUN kinase activity / isopeptidase activity / ribosomal small subunit biogenesis / translation initiation factor binding / molecular adaptor activity / positive regulation of DNA repair / gastrulation / negative regulation of translational initiation / positive regulation of microtubule polymerization / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay
P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S13 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S10 / WD40リピート / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S11 ...P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / Ribosomal protein S13 / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S10 / WD40リピート / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal protein S3, C-terminal / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S14 / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S24e / Ribosomal protein S9 / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S19/S15 / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S25 / K Homology domain, type 2 / Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / RNA-binding S4 domain / Ribosomal protein S27a / Macro domain / Ribosomal protein S5 / Proteasome component (PCI) domain / Ribosomal protein S12/S23 / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S28e conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / 50S ribosomal protein L30e-like / Ubiquitin-like domain superfamily / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / 30s ribosomal protein S13, C-terminal / Non-structural protein NSP4, C-terminal, coronavirus / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Non-structural protein NSP3, nucleic acid-binding (NAR) domain, betacoronavirus / CSN8/PSMD8/EIF3K / eIF3B, RNA recognition motif / RNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S8 superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / RNA synthesis protein NSP10 superfamily, coronavirus / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Ribosomal protein S8 / Ribosomal protein S28e / Ubiquitin-like domain / Ribosomal protein S27e / Ribosomal protein S15 / JAB1/MPN/MOV34 metalloenzyme domain / Ribosomal protein S7e / Ribosomal protein S12e / RNA recognition motif domain / Ribosomal protein S17/S11 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S2, eukaryotic / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / 40S ribosomal protein SA / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / KOW / Ribosomal protein S30 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / WD40 repeat, conserved site / Translation initiation factor 3 complex subunit L / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E, N-terminal / RNA synthesis protein NSP10, coronavirus / Ribosomal protein S8e, conserved site / Ribosomal protein S6e, conserved site / Ribosomal protein S3, conserved site / Ubiquitin domain / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S19e, conserved site / Ribosomal protein S17e, conserved site / Ribosomal protein S14, conserved site / Ribosomal protein S13, conserved site / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ubiquitin conserved site / Ribosomal protein S17, conserved site / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S15P
40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S11 / 40S ribosomal protein S4, X isoform / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S15 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S26 ...40S ribosomal protein S18 / 40S ribosomal protein S29 / 40S ribosomal protein S13 / 40S ribosomal protein S11 / 40S ribosomal protein S4, X isoform / 40S ribosomal protein S6 / 40S ribosomal protein S15 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S25 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S28 / 40S ribosomal protein S30 / 60S ribosomal protein L41 / Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / 40S ribosomal protein S21 / Receptor of activated protein C kinase 1 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K / 40S ribosomal protein S23 / 40S ribosomal protein S14 / 40S ribosomal protein S16 / 40S ribosomal protein S19 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H / 40S ribosomal protein S17 / 40S ribosomal protein SA / Replicase polyprotein 1ab / 40S ribosomal protein S2 / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S12 / 40S ribosomal protein S27 / 40S ribosomal protein S15a / 40S ribosomal protein S9 / 40S ribosomal protein S5 / 40S ribosomal protein S10 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E / 40S ribosomal protein S20 / 40S ribosomal protein S3a / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S8 / Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
生物種Homo sapiens (ヒト) / Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3 Å
データ登録者Thoms M / Buschauer R / Ameismeier M / Denk T / Kratzat H / Mackens-Kiani T / Cheng J / Berninghausen O / Becker T / Beckmann R
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number
German Research Foundation (DFG)SFB/TRR-174 ドイツ
German Research Foundation (DFG)BE1814/1-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)BE1814/15-1 ドイツ
引用ジャーナル: Science / : 2020
タイトル: Structural basis for translational shutdown and immune evasion by the Nsp1 protein of SARS-CoV-2.
著者: Matthias Thoms / Robert Buschauer / Michael Ameismeier / Lennart Koepke / Timo Denk / Maximilian Hirschenberger / Hanna Kratzat / Manuel Hayn / Timur Mackens-Kiani / Jingdong Cheng / Jan H ...著者: Matthias Thoms / Robert Buschauer / Michael Ameismeier / Lennart Koepke / Timo Denk / Maximilian Hirschenberger / Hanna Kratzat / Manuel Hayn / Timur Mackens-Kiani / Jingdong Cheng / Jan H Straub / Christina M Stürzel / Thomas Fröhlich / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Frank Kirchhoff / Konstantin M J Sparrer / Roland Beckmann /
要旨: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the current coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. A major virulence factor of SARS-CoVs is the ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the current coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. A major virulence factor of SARS-CoVs is the nonstructural protein 1 (Nsp1), which suppresses host gene expression by ribosome association. Here, we show that Nsp1 from SARS-CoV-2 binds to the 40 ribosomal subunit, resulting in shutdown of messenger RNA (mRNA) translation both in vitro and in cells. Structural analysis by cryo-electron microscopy of in vitro-reconstituted Nsp1-40 and various native Nsp1-40 and -80 complexes revealed that the Nsp1 C terminus binds to and obstructs the mRNA entry tunnel. Thereby, Nsp1 effectively blocks retinoic acid-inducible gene I-dependent innate immune responses that would otherwise facilitate clearance of the infection. Thus, the structural characterization of the inhibitory mechanism of Nsp1 may aid structure-based drug design against SARS-CoV-2.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2020年7月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2020年7月29日-
マップ公開2020年7月29日-
更新2020年9月16日-
現状2020年9月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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ムービー
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  • 原子モデル: PDB-6zon
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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_11325.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.24 Å
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.24 Å
1.06 Å/pix.
x 360 pix.
= 381.24 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.059 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.07535854 - 0.29902884
平均 (標準偏差)0.0006338182 (±0.008944825)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 381.24 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0591.0591.059
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z381.240381.240381.240
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ400400400
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0750.2990.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome compl...

全体名称: SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 1
構成要素数: 52

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構成要素 #1: タンパク質, SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosom...

タンパク質名称: SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 1
組換発現: No

+
構成要素 #2: タンパク質, Human 43S preinitiation ribosome complex

タンパク質名称: Human 43S preinitiation ribosome complex / 組換発現: No
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #3: タンパク質, SARS-CoV-2 Nsp1

タンパク質名称: SARS-CoV-2 Nsp1 / 組換発現: No
由来生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #4: タンパク質, 40S ribosomal protein SA

タンパク質名称: 40S ribosomal protein SAリボソームタンパク質SA
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 32.883938 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #5: タンパク質, 40S ribosomal protein S3a

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S3a / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 30.002061 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #6: タンパク質, 40S ribosomal protein S2

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 31.376516 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #7: タンパク質, 40S ribosomal protein S26

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S26 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.047532 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #8: タンパク質, 40S ribosomal protein S4, X isoform

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S4, X isoformリボソーム / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 29.654869 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #9: タンパク質, 60S ribosomal protein L41

タンパク質名称: 60S ribosomal protein L41 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 3.473451 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #10: タンパク質, 40S ribosomal protein S6

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 28.751906 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #11: タンパク質, 40S ribosomal protein S7

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.168914 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #12: タンパク質, 40S ribosomal protein S8

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.263387 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #13: タンパク質, 40S ribosomal protein S9

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S9 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.641564 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #14: タンパク質, 40S ribosomal protein S11

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S11 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 18.468826 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #15: タンパク質, 40S ribosomal protein S13

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S13 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.259389 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #16: タンパク質, 40S ribosomal protein S14

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S14 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.302772 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #17: タンパク質, 40S ribosomal protein S21

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S21 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.124389 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #18: タンパク質, 40S ribosomal protein S15a

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S15a / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.865555 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #19: タンパク質, 40S ribosomal protein S23

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S23 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.844666 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #20: タンパク質, 40S ribosomal protein S24

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S24 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.463333 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #21: タンパク質, 40S ribosomal protein S27

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S27 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.480186 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #22: タンパク質, 40S ribosomal protein S30

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S30 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.668938 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #23: nucleic-acid, 18S ribosomal RNA

核酸名称: 18S ribosomal RNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGCG AAUGGCUCAU UAAAUCAGUU AUGGUUCCUU UGGUCGCUCG CUCCUCUCCU ACUUGGAUAA CUGUGGUAAU UCUAGAGCUA ...配列:
UACCUGGUUG AUCCUGCCAG UAGCAUAUGC UUGUCUCAAA GAUUAAGCCA UGCAUGUCUA AGUACGCACG GCCGGUACAG UGAAACUGCG AAUGGCUCAU UAAAUCAGUU AUGGUUCCUU UGGUCGCUCG CUCCUCUCCU ACUUGGAUAA CUGUGGUAAU UCUAGAGCUA AUACAUGCCG ACGGGCGCUG ACCCCCUUCG CGGGGGGGAU GCGUGCAUUU AUCAGAUCAA AACCAACCCG GUCAGCCCCU CUCCGGCCCC GGCCGGGGGG CGGGCCGCGG CGGCUUUGGU GACUCUAGAU AACCUCGGGC CGAUCGCACG CCCCCCGUGG CGGCGACGAC CCAUUCGAAC GUCUGCCCUA UCAACUUUCG AUGGUAGUCG CCGUGCCUAC CAUGGUGACC ACGGGUGACG GGGAAUCAGG GUUCGAUUCC GGAGAGGGAG CCUGAGAAAC GGCUACCACA UCCAAGGAAG GCAGCAGGCG CGCAAAUUAC CCACUCCCGA CCCGGGGAGG UAGUGACGAA AAAUAACAAU ACAGGACUCU UUCGAGGCCC UGUAAUUGGA AUGAGUCCAC UUUAAAUCCU UUAACGAGGA UCCAUUGGAG GGCAAGUCUG GUGCCAGCAG CCGCGGUAAU UCCAGCUCCA AUAGCGUAUA UUAAAGUUGC UGCAGUUAAA AAGCUCGUAG UUGGAUCUUG GGAGCGGGCG GGCGGUCCGC CGCGAGGCGA GCCACCGCCC GUCCCCGCCC CUUGCCUCUC GGCGCCCCCU CGAUGCUCUU AGCUGAGUGU CCCGCGGGGC CCGAAGCGUU UACUUUGAAA AAAUUAGAGU GUUCAAAGCA GGCCCGAGCC GCCUGGAUAC CGCAGCUAGG AAUAAUGGAA UAGGACCGCG GUUCUAUUUU GUUGGUUUUC GGAACUGAGG CCAUGAUUAA GAGGGACGGC CGGGGGCAUU CGUAUUGCGC CGCUAGAGGU GAAAUUCUUG GACCGGCGCA AGACGGACCA GAGCGAAAGC AUUUGCCAAG AAUGUUUUCA UUAAUCAAGA ACGAAAGUCG GAGGUUCGAA GACGAUCAGA UACCGUCGUA GUUCCGACCA UAAACGAUGC CGACCGGCGA UGCGGCGGCG UUAUUCCCAU GACCCGCCGG GCAGCUUCCG GGAAACCAAA GUCUUUGGGU UCCGGGGGGA GUAUGGUUGC AAAGCUGAAA CUUAAAGGAA UUGACGGAAG GGCACCACCA GGAGUGGAGC CUGCGGCUUA AUUUGACUCA ACACGGGAAA CCUCACCCGG CCCGGACACG GACAGGAUUG ACAGAUUGAU AGCUCUUUCU CGAUUCCGUG GGUGGUGGUG CAUGGCCGUU CUUAGUUGGU GGAGCGAUUU GUCUGGUUAA UUCCGAUAAC GAACGAGACU CUGGCAUGCU AACUAGUUAC GCGACCCCCG AGCGGUCGGC GUCCCCCAAC UUCUUAGAGG GACAAGUGGC GUUCAGCCAC CCGAGAUUGA GCAAUAACAG GUCUGUGAUG CCCUUAGAUG UCCGGGGCUG CACGCGCGCU ACACUGACUG GCUCAGCGUG UGCCUACCCU ACGCCGGCAG GCGCGGGUAA CCCGUUGAAC CCCAUUCGUG AUGGGGAUCG GGGAUUGCAA UUAUUCCCCA UGAACGAGGA AUUCCCAGUA AGUGCGGGUC AUAAGCUUGC GUUGAUUAAG UCCCUGCCCU UUGUACACAC CGCCCGUCGC UACUACCGAU UGGAUGGUUU AGUGAGGCCC UCGGAUCGGC CCCGCCGGGG UCGGCCCACG CCCUGGCGGA GCGCUGAGAA GACGGUCGAA CUUGACUAUC UAGAGGAAGU AAAAGUCGUA ACAAGGUUUC CGUAGGUGAA CCUGCGGAAG GAUCAUUA
分子量理論値: 602.432625 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #24: タンパク質, 40S ribosomal protein S17

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S17 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.578156 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #25: タンパク質, 40S ribosomal protein S16

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S16 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.477377 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #26: タンパク質, 40S ribosomal protein S3

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 26.729369 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #27: タンパク質, 40S ribosomal protein S5

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 22.913453 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #28: タンパク質, 40S ribosomal protein S10

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 18.933846 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #29: タンパク質, 40S ribosomal protein S12

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S12 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.538987 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #30: タンパク質, 40S ribosomal protein S15

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S15 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.076207 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #31: タンパク質, 40S ribosomal protein S18

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S18 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.759777 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #32: タンパク質, 40S ribosomal protein S19

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S19 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 16.091562 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #33: タンパク質, 40S ribosomal protein S20

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S20 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.398763 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #34: タンパク質, 40S ribosomal protein S25

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S25 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.776224 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #35: タンパク質, 40S ribosomal protein S28

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S28 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 7.855052 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #36: タンパク質, 40S ribosomal protein S29

タンパク質名称: 40S ribosomal protein S29 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.690821 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #37: タンパク質, Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a

タンパク質名称: Ubiquitin-40S ribosomal protein S27a / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 18.004041 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #38: タンパク質, Receptor of activated protein C kinase 1

タンパク質名称: Receptor of activated protein C kinase 1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 35.115652 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #39: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit I
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 36.543773 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #40: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 92.593414 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #41: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A,Eukar...

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A,Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit A
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 79.249359 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #42: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit C
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 105.503945 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #43: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit E
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 52.281633 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #44: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit F
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 37.593645 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #45: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit H
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 39.979277 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #46: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit K
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 25.083619 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #47: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit L
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 66.803734 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #48: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit M
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 42.555832 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #49: タンパク質, Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D

タンパク質名称: Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 64.060758 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #50: タンパク質, Unknown factor

タンパク質名称: Unknown factor / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.656196 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #51: タンパク質, Host translation inhibitor Nsp1

タンパク質名称: Host translation inhibitor Nsp1 / 詳細: Host translation inhibitor Nsp1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 19.801287 kDa
由来生物種: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
由来(合成)発現系: Escherichia coli K-12 (大腸菌)

+
構成要素 #52: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 44.8 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズ撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 13928
3次元再構成解像度: 3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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