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- EMDB-0778: The ClassB RSC-Nucleosome Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0778
タイトルThe ClassB RSC-Nucleosome Complex
マップデータ
試料RSC
  • Histone H3.2
  • (Histone H4) x 2
  • Histone H2A
  • (nucleic-acid核酸) x 2
  • Actin-related protein 7
  • Regulator of Ty1 transposition protein 102
  • (Chromatin structure-remodeling complex subunit ...) x 5
  • (Chromatin structure-remodeling complex protein ...) x 5
  • Nuclear protein STH1/NPS1
  • High temperature lethal protein 1
  • Actin-like protein ARP9
  • ligandリガンド
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / chromatin remodeling at centromere / plasmid maintenance / RSC-type complex / transfer RNA gene-mediated silencing / DNA translocase activity / nucleosome mobilization / nucleosome disassembly / UV-damage excision repair ...regulation of sporulation resulting in formation of a cellular spore / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / chromatin remodeling at centromere / plasmid maintenance / RSC-type complex / transfer RNA gene-mediated silencing / DNA translocase activity / nucleosome mobilization / nucleosome disassembly / UV-damage excision repair / nucleosome positioning / SWI/SNF complex / NuA4 histone acetyltransferase complex / sister chromatid cohesion / クロマチンリモデリング / rRNA transcription / sporulation resulting in formation of a cellular spore / chromosome, centromeric region / histone H4 acetylation / ATPase, acting on DNA / transcription elongation from RNA polymerase II promoter / cytoskeleton organization / nuclear chromosome / positive regulation of transcription elongation from RNA polymerase II promoter / meiotic cell cycle / DNA-templated transcription, initiation / lysine-acetylated histone binding / chromosome segregation / 塩基除去修復 / double-strand break repair via homologous recombination / ヌクレオソーム / transcription coregulator activity / rRNA processing / double-strand break repair / cellular response to hydrogen peroxide / helicase activity / ヘリカーゼ / DNA helicase activity / double-strand break repair via nonhomologous end joining / chromatin organization / G2/M transition of mitotic cell cycle / histone binding / クロマチンリモデリング / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / ATPアーゼ / protein heterodimerization activity / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of transcription, DNA-templated / structural molecule activity / positive regulation of transcription, DNA-templated / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / 核質 / ATP binding / 細胞核
Histone H2B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC1/RSC2/RSC4 / Histone H4, conserved site / Bromodomain, conserved site / Transcription regulator protein Rtt102 / Histone H3/CENP-A / SNF2, N-terminal ...Histone H2B / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC1/RSC2/RSC4 / Histone H4, conserved site / Bromodomain, conserved site / Transcription regulator protein Rtt102 / Histone H3/CENP-A / SNF2, N-terminal / Zinc finger, ZZ-type / SANT domain / SANT/Myb domain / Bromo adjacent homology (BAH) domain / Bromodomain / SMARCC, C-terminal / Helicase, C-terminal / Histone H4 / Histone H2A / DNA-binding RFX-type winged-helix domain / Actin family / TATA box binding protein associated factor (TAF) / SNF5/SMARCB1/INI1 / Histone H2A/H2B/H3 / SWIRM domain / Homeobox-like domain superfamily / Histone-fold / Chromatin-remodelling complex, RSC SWI/SNF subunit Rsc7/Swp82 / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Snf2, ATP coupling domain / Helicase/SANT-associated domain / Rsc1/Rsc2, bromodomain / Rsc8/Ssr1/Ssr2, zinc finger, ZZ-type / Bromodomain-like superfamily / Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain superfamily / CENP-T/Histone H4, histone fold / SWIB/MDM2 domain superfamily / Histone H2A conserved site / Remodelling complex subunit Rsc/polybromo / Histone H2A, C-terminal domain / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / SNF2-like, N-terminal domain superfamily / ATPase, nucleotide binding domain / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Bromo adjacent homology (BAH) domain superfamily
Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4 / Histone H2A / Actin-related protein 7 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2 / Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1 / Actin-like protein ARP9 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6 ...Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4 / Histone H2A / Actin-related protein 7 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2 / Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1 / Actin-like protein ARP9 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6 / Histone H3.2 / Histone H4 / Regulator of Ty1 transposition protein 102 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8 / Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30 / Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7 / Nuclear protein STH1/NPS1 / Histone H2A type 1 / Histone H2B 1.1 / Histone H4 / High temperature lethal protein 1
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Homo sapiens (ヒト) / Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.55 Å
データ登録者Ye YP / Wu H / Chen KJ / Verma N / Cairns B / Gao N / Chen ZC
引用ジャーナル: Science / : 2019
タイトル: Structure of the RSC complex bound to the nucleosome.
著者: Youpi Ye / Hao Wu / Kangjing Chen / Cedric R Clapier / Naveen Verma / Wenhao Zhang / Haiteng Deng / Bradley R Cairns / Ning Gao / Zhucheng Chen /
要旨: The RSC complex remodels chromatin structure and regulates gene transcription. We used cryo-electron microscopy to determine the structure of yeast RSC bound to the nucleosome. RSC is delineated into ...The RSC complex remodels chromatin structure and regulates gene transcription. We used cryo-electron microscopy to determine the structure of yeast RSC bound to the nucleosome. RSC is delineated into the adenosine triphosphatase motor, the actin-related protein module, and the substrate recruitment module (SRM). RSC binds the nucleosome mainly through the motor, with the auxiliary subunit Sfh1 engaging the H2A-H2B acidic patch to enable nucleosome ejection. SRM is organized into three substrate-binding lobes poised to bind their respective nucleosomal epitopes. The relative orientations of the SRM and the motor on the nucleosome explain the directionality of DNA translocation and promoter nucleosome repositioning by RSC. Our findings shed light on RSC assembly and functionality, and they provide a framework to understand the mammalian homologs BAF/PBAF and the Sfh1 ortholog INI1/BAF47, which are frequently mutated in cancers.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2019年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2019年11月27日-
現状2019年11月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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ムービー
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構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0778.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 22.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.14 Å/pix.
x 180 pix.
= 385.2 Å
2.14 Å/pix.
x 180 pix.
= 385.2 Å
2.14 Å/pix.
x 180 pix.
= 385.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.14 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.018 / ムービー #1: 0.018
最小 - 最大-0.011374033 - 0.103797704
平均 (標準偏差)0.00065715646 (±0.0055326205)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions180180180
Spacing180180180
セルA=B=C: 385.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.142.142.14
M x/y/z180180180
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z385.200385.200385.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180180
D min/max/mean-0.0110.1040.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 RSC

全体名称: RSC / 構成要素数: 23

+
構成要素 #1: タンパク質, RSC

タンパク質名称: RSC / 組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

+
構成要素 #2: タンパク質, Histone H3.2

タンパク質名称: Histone H3.2 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 15.421101 kDa
由来生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #3: タンパク質, Histone H4

タンパク質名称: Histone H4 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 11.394426 kDa
由来生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #4: タンパク質, Histone H2A

タンパク質名称: Histone H2A / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 14.109436 kDa
由来生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #5: nucleic-acid, DNA 167

核酸名称: DNA 167 / クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: (DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC) ...配列:
(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DC) (DC)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DA) (DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA) (DT)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG) (DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC) (DG)(DC)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC) (DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DG)(DG) (DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA) (DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DT)(DC) (DA)(DG)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DA)(DC) (DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC) (DT)(DT)(DG)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA) (DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)
分子量理論値: 51.421781 kDa
由来生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
構成要素 #6: nucleic-acid, DNA 167

核酸名称: DNA 167 / クラス: DNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: (DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC) ...配列:
(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC) (DT)(DC)(DG)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DC)(DT) (DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA) (DT)(DA)(DT)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DA)(DC) (DA)(DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DC)(DT)(DG)(DG) (DA)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA) (DG)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC)(DT) (DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DA) (DA)(DA)(DC)(DG)(DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DG)(DC)(DG)(DT)(DA) (DC)(DG)(DT)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT)(DA) (DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DG) (DG)(DC)(DA)(DC)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DC)
分子量理論値: 51.683922 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #7: タンパク質, Actin-related protein 7

タンパク質名称: Actin-related protein 7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 53.863016 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #8: タンパク質, Regulator of Ty1 transposition protein 102

タンパク質名称: Regulator of Ty1 transposition protein 102 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 17.817615 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #9: タンパク質, Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7

タンパク質名称: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 49.71652 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #10: タンパク質, Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8

タンパク質名称: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC8 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 63.253965 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #11: タンパク質, Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9

タンパク質名称: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC9 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 65.289309 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #12: タンパク質, Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6

タンパク質名称: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 54.222691 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #13: タンパク質, Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1

タンパク質名称: Chromatin structure-remodeling complex subunit SFH1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 48.83318 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #14: タンパク質, Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58

タンパク質名称: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC58
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 57.871309 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #15: タンパク質, Nuclear protein STH1/NPS1

タンパク質名称: Nuclear protein STH1/NPS1 / 個数: 3 / 組換発現: No
分子量理論値: 156.982406 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #16: タンパク質, High temperature lethal protein 1

タンパク質名称: High temperature lethal protein 1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 9.192524 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #17: タンパク質, Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30

タンパク質名称: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC30
個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 101.448211 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #18: タンパク質, Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3

タンパク質名称: Chromatin structure-remodeling complex protein RSC3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 101.833961 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #19: タンパク質, Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4

タンパク質名称: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 72.372375 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #20: タンパク質, Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2

タンパク質名称: Chromatin structure-remodeling complex subunit RSC2 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 102.443664 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #21: タンパク質, Histone H4

タンパク質名称: Histone H4 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.925202 kDa
由来生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
由来(合成)発現系: Escherichia coli (大腸菌)

+
構成要素 #22: タンパク質, Actin-like protein ARP9

タンパク質名称: Actin-like protein ARP9 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 53.13193 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母) / : ATCC 204508 / S288c

+
構成要素 #23: リガンド, ZINC ION

リガンド名称: ZINC ION / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 6.540905 MDa

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実験情報

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試料調製

試料試料の状態: 細胞 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 2 e/Å2 / 照射モード: SPOT SCAN
レンズ撮影モード: DARK FIELD
試料ホルダモデル: OTHER
カメラ検出器: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

-
画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 投影像の数: 45256
3次元再構成解像度: 7.55 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF

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原子モデル構築

得られたモデル

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万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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