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- EMDB-0441: Conformational switches control early maturation of the eukaryoti... -

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データベース: EMDB / ID: EMD-0441
タイトルConformational switches control early maturation of the eukaryotic small ribosomal subunit
マップデータ
試料5' ETS particle:
(nucleic-acid核酸) x 3 / Utp17 / Utp8 / Utp15 / Utp9 / Utp5 / Utp10 / Utp4 / Utp1 / Utp6 ...(nucleic-acid核酸) x 3 / Utp17 / Utp8 / Utp15 / Utp9 / Utp5 / Utp10 / Utp4 / Utp1 / Utp6 / Utp12 / Utp13 / Utp18 / Utp21 / Sof1 / Utp7 / Imp3 / Mpp10 / Bud21 / Nop56 / Nop58 / Nop1.1 / Snu13NHP2L1 / Rrp9 / Utp24 / Unidentified fragment
機能・相同性
機能・相同性情報


t-UTP complex / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / sno(s)RNA processing / RNA fragment catabolic process / histone-glutamine methyltransferase activity / box C/D RNA 3'-end processing / Mpp10 complex / rRNA methyltransferase activity / rRNA 2'-O-methylation / septum digestion after cytokinesis ...t-UTP complex / Pwp2p-containing subcomplex of 90S preribosome / sno(s)RNA processing / RNA fragment catabolic process / histone-glutamine methyltransferase activity / box C/D RNA 3'-end processing / Mpp10 complex / rRNA methyltransferase activity / rRNA 2'-O-methylation / septum digestion after cytokinesis / rRNA modification / regulation of transcription by RNA polymerase I / endonucleolytic cleavage in 5'-ETS of tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / positive regulation of RNA binding / rDNA heterochromatin / endonucleolytic cleavage to generate mature 5'-end of SSU-rRNA from (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / snRNA binding / box C/D RNP complex / positive regulation of transcription by RNA polymerase I / protein localization to nucleolus / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / U4 snRNA binding / histone glutamine methylation / U3 snoRNA binding / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / tRNA export from nucleus / precatalytic spliceosome / 90S preribosome / preribosome, small subunit precursor / O-methyltransferase activity / rRNA methylation / snoRNA binding / endonucleolytic cleavage in ITS1 to separate SSU-rRNA from 5.8S rRNA and LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of SSU-rRNA / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / small-subunit processome / ribosomal small subunit biogenesis / maturation of LSU-rRNA / カハール体 / establishment of cell polarity / endoribonuclease activity / ribosomal small subunit assembly / maturation of SSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / rRNA processing / mRNA splicing, via spliceosome / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / tRNA binding / rRNA binding / mRNA binding / 核小体 / ミトコンドリア / RNA binding / 核質 / identical protein binding / 細胞核 / 細胞質
Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae conserved site / U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Small-subunit processome, Utp21 / Sof1-like protein / Small-subunit processome, Utp12 / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / HAT (Half-A-TPR) repeat ...Ribosomal protein L7Ae/L30e/S12e/Gadd45 / Ribosomal protein L7Ae conserved site / U3 small nucleolar ribonucleoprotein complex, subunit Mpp10 / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / Small-subunit processome, Utp21 / Sof1-like protein / Small-subunit processome, Utp12 / rRNA-processing protein Fcf1/Utp23 / HAT (Half-A-TPR) repeat / BP28, C-terminal domain / RNA-binding S4 domain / PIN domain / Nop domain / H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nhp2, eukaryote / Ribosomal protein S4/S9, N-terminal / WD40リピート / Fibrillarin / BING4, C-terminal domain / NOP5, N-terminal / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase / WD40 repeat, conserved site / Periodic tryptophan protein 2 / Anaphase-promoting complex subunit 4, WD40 domain / Ribosomal protein S4/S9 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10, N-terminal / HEAT, type 2 / Fibrillarin, conserved site / G-protein beta WD-40 repeat / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15, C-terminal / NOSIC / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / Ribosomal protein L7Ae/L8/Nhp2 family / WD40-repeat-containing domain / Armadillo-type fold / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / Small-subunit processome, Utp13 / U3 snoRNA associated / PIN-like domain superfamily / Helix hairpin bin domain superfamily / 50S ribosomal protein L30e-like / Nop, C-terminal domain / WD repeat-containing protein WDR46/Utp7 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / Ribosomal RNA-processing protein Rrp9-like / rRNA-processing protein Fcf1, PIN domain / RNA-binding S4 domain superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / Nop domain superfamily
U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / rRNA-processing protein FCF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / Nucleolar protein 56 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / Bud site selection protein 21 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / NET1-associated nuclear protein 1 ...U3 small nucleolar RNA-associated protein 21 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 15 / rRNA-processing protein FCF1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 13 / Nucleolar protein 56 / Ribosomal RNA-processing protein 9 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 4 / Bud site selection protein 21 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 12 / NET1-associated nuclear protein 1 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 5 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 18 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 6 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 8 / U3 small nucleolar RNA-associated protein MPP10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 10 / U3 small nucleolar RNA-associated protein 7 / 13 kDa ribonucleoprotein-associated protein / U3 small nucleolar RNA-associated protein 9 / Protein SOF1 / U3 small nucleolar ribonucleoprotein protein IMP3 / Periodic tryptophan protein 2 / rRNA 2'-O-methyltransferase fibrillarin / Nucleolar protein 58
生物種Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母) / Baker's yeast (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å
データ登録者Hunziker M / Barandun J / Klinge S
資金援助 米国, スイス, 2件
OrganizationGrant number
National Institutes of Health/Office of the Director1DP2GM123459 米国
Swiss National Science Foundation155515 スイス
引用ジャーナル: Elife / : 2019
タイトル: Conformational switches control early maturation of the eukaryotic small ribosomal subunit.
著者: Mirjam Hunziker / Jonas Barandun / Olga Buzovetsky / Caitlin Steckler / Henrik Molina / Sebastian Klinge /
要旨: Eukaryotic ribosome biogenesis is initiated with the transcription of pre-ribosomal RNA at the 5' external transcribed spacer, which directs the early association of assembly factors but is absent ...Eukaryotic ribosome biogenesis is initiated with the transcription of pre-ribosomal RNA at the 5' external transcribed spacer, which directs the early association of assembly factors but is absent from the mature ribosome. The subsequent co-transcriptional association of ribosome assembly factors with pre-ribosomal RNA results in the formation of the small subunit processome. Here we show that stable rRNA domains of the small ribosomal subunit can independently recruit their own biogenesis factors in vivo. The final assembly and compaction of the small subunit processome requires the presence of the 5' external transcribed spacer RNA and all ribosomal RNA domains. Additionally, our cryo-electron microscopy structure of the earliest nucleolar pre-ribosomal assembly - the 5' external transcribed spacer ribonucleoprotein - provides a mechanism for how conformational changes in multi-protein complexes can be employed to regulate the accessibility of binding sites and therefore define the chronology of maturation events during early stages of ribosome assembly.
構造検証レポート簡易版, 詳細版, XML, 構造検証レポートについて
履歴
登録2018年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年2月20日-
マップ公開2019年6月19日-
更新2019年12月18日-
現状2019年12月18日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0441.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.6 Å/pix.
x 360 pix.
= 576. Å
1.6 Å/pix.
x 360 pix.
= 576. Å
1.6 Å/pix.
x 360 pix.
= 576. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.6 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0203 / ムービー #1: 0.0203
最小 - 最大-0.04939924 - 0.09136246
平均 (標準偏差)0.0001420385 (±0.001903109)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
Dimensions360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 576.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.61.61.6
M x/y/z360360360
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z576.000576.000576.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS360360360
D min/max/mean-0.0490.0910.000

-
添付データ

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追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_0441_additional.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

-
試料の構成要素

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全体 5' ETS particle

全体名称: 5' ETS particle / 構成要素数: 29

+
構成要素 #1: タンパク質, 5' ETS particle

タンパク質名称: 5' ETS particle / 組換発現: No
由来生物種: Saccharomyces cerevisiae BY4741 (パン酵母)

+
構成要素 #2: nucleic-acid, 5'ETS rRNA

核酸名称: 5'ETS rRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列: AUGCGAAAGC AGUUGAAGAC AAGU(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)GCUUG UCGUUCGUUA UGUUUUUGUA AAUGGCCUCG UCAAACGGUG GAGAGAGUCG ...配列:
AUGCGAAAGC AGUUGAAGAC AAGU(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)(N)(N)(N)GCUUG UCGUUCGUUA UGUUUUUGUA AAUGGCCUCG UCAAACGGUG GAGAGAGUCG CUAGGUGAUC GUCAGAUCUG CCUAGUCUCU AUACAGCGUG UUUAAUUGAC AUGGGUUGAU GCGUAUUGAG AGAUACAAUU UGGGAAGAAA UUCCCAGAGU GUGUUUCUUU UGCGUUUAAC CUGAACAGUC UCAUCGUGGG CAUCUUGCGA UUCCAUUGGU GAGCAGCGAA GGAUUUGGUG GAUUACUAGC UAAUAGCAAU CUAUUUCAAA GAAUUCAAAC UUGGGGGAAU GCCUUGUUGA AUAGCCGGUC GCAAGACUGU GAUUCUUCAA GUGUAACCUC CUCUCAAAUC AGCGAUAUCA AACGUACCAU UCCGUGAAAC ACCGGGGUAU CUGUUUGGUG GAACCUGAUU AGAGGAAACU CAAAGAGUGC UAUGGUAUGG UGACGGAGUG CGCUGGUCAA GAGUGUAAAA GCUUUUUGAA CAGAGAGCAU UUCCGGCAGC AGAGAGACCU GAAAAAGCAA UUUUUCUGGA AUUUCAGCUG UU(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N) (N)(N)AUAAGUAU CUUCUAGCAA GAGGGAAUAG GUGGGAAAAA AAAAAAGAGA UUUCGGUUUC UUUCUUUUUU ACUGCUUGUU GCUUCUUCUU UUAAGAUAGU
分子量理論値: 220.317 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #3: nucleic-acid, 18S rRNA 5' domain start

核酸名称: 18S rRNA 5' domain start / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)(N)UG AUCCU
分子量理論値: 3.727073 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #4: nucleic-acid, U3 snoRNA

核酸名称: U3 snoRNA / クラス: RNA / Structure: OTHER / 合成: No
配列:
AGGAUCAGGA AUCGUCACUC UUUGACUCUU CAAAAGAGCC ACUGAAUCCA ACUUGGUUGA UGAGUCCCAU AACCUUUGUA CCCAGUGAGA AACCGUAUGG CGCGAUGAUC UACCCAUGGG UGGGUACAAA UGGCAGUCUG ACAAGU
分子量理論値: 46.932852 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #5: タンパク質, Utp17

タンパク質名称: Utp17 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 96.36357 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #6: タンパク質, Utp8

タンパク質名称: Utp8 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 49.062371 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #7: タンパク質, Utp15

タンパク質名称: Utp15 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 57.765289 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #8: タンパク質, Utp9

タンパク質名称: Utp9 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 19.93582 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #9: タンパク質, Utp5

タンパク質名称: Utp5 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 72.079445 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #10: タンパク質, Utp10

タンパク質名称: Utp10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 200.298984 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #11: タンパク質, Utp4

タンパク質名称: Utp4 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 81.782867 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #12: タンパク質, Utp1

タンパク質名称: Utp1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 104.097039 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #13: タンパク質, Utp6

タンパク質名称: Utp6 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 46.820391 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #14: タンパク質, Utp12

タンパク質名称: Utp12 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 102.690555 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #15: タンパク質, Utp13

タンパク質名称: Utp13 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 68.142312 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #16: タンパク質, Utp18

タンパク質名称: Utp18 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 66.49425 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #17: タンパク質, Utp21

タンパク質名称: Utp21 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 104.927844 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #18: タンパク質, Sof1

タンパク質名称: Sof1 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 56.888918 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #19: タンパク質, Utp7

タンパク質名称: Utp7 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 62.41857 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #20: タンパク質, Imp3

タンパク質名称: Imp3 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.928529 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #21: タンパク質, Mpp10

タンパク質名称: Mpp10 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 67.042492 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #22: タンパク質, Bud21

タンパク質名称: Bud21 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 24.431016 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #23: タンパク質, Nop56

タンパク質名称: Nop56 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 55.307637 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #24: タンパク質, Nop58

タンパク質名称: Nop58 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 53.13368 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #25: タンパク質, Nop1.1

タンパク質名称: Nop1.1 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 34.525418 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #26: タンパク質, Snu13

タンパク質名称: Snu13NHP2L1 / 個数: 2 / 組換発現: No
分子量理論値: 13.582855 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #27: タンパク質, Rrp9

タンパク質名称: Rrp9 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 65.146969 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #28: タンパク質, Utp24

タンパク質名称: Utp24 / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 21.650729 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

+
構成要素 #29: タンパク質, Unidentified fragment

タンパク質名称: Unidentified fragment / 個数: 1 / 組換発現: No
分子量理論値: 2.060531 kDa
由来生物種: Baker's yeast (パン酵母)

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実験情報

-
試料調製

試料試料の状態: 粒子 / 手法: クライオ電子顕微鏡法
試料溶液pH: 7.7
凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 温度: 295 K / 湿度: 100 %

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
撮影顕微鏡: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射量: 31.25 e/Å2 / 照射モード: FLOOD BEAM
レンズCs: 2.7 mm / 撮影モード: BRIGHT FIELD / デフォーカス: 1000.0 - 3500.0 nm
試料ホルダモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
カメラ検出器: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

-
画像取得

画像取得デジタル画像の数: 2750

-
画像解析

解析手法: 単粒子再構成法 / 想定した対称性: C1 (非対称) / 投影像の数: 52629
3次元再構成ソフトウェア: RELION / 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築

モデリング #1精密化に使用した空間: REAL
利用したPDBモデル: 5WLC
得られたモデル

+
万見について

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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