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タイトルStructural basis for translational shutdown and immune evasion by the Nsp1 protein of SARS-CoV-2.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 369, Issue 6508, Page 1249-1255, Year 2020
掲載日2020年9月4日
著者Matthias Thoms / Robert Buschauer / Michael Ameismeier / Lennart Koepke / Timo Denk / Maximilian Hirschenberger / Hanna Kratzat / Manuel Hayn / Timur Mackens-Kiani / Jingdong Cheng / Jan H Straub / Christina M Stürzel / Thomas Fröhlich / Otto Berninghausen / Thomas Becker / Frank Kirchhoff / Konstantin M J Sparrer / Roland Beckmann /
PubMed 要旨Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the current coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. A major virulence factor of SARS-CoVs is the ...Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) is the causative agent of the current coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic. A major virulence factor of SARS-CoVs is the nonstructural protein 1 (Nsp1), which suppresses host gene expression by ribosome association. Here, we show that Nsp1 from SARS-CoV-2 binds to the 40 ribosomal subunit, resulting in shutdown of messenger RNA (mRNA) translation both in vitro and in cells. Structural analysis by cryo-electron microscopy of in vitro-reconstituted Nsp1-40 and various native Nsp1-40 and -80 complexes revealed that the Nsp1 C terminus binds to and obstructs the mRNA entry tunnel. Thereby, Nsp1 effectively blocks retinoic acid-inducible gene I-dependent innate immune responses that would otherwise facilitate clearance of the infection. Thus, the structural characterization of the inhibitory mechanism of Nsp1 may aid structure-based drug design against SARS-CoV-2.
リンクScience / PubMed:32680882 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.2 Å
構造データ

EMDB-11276, PDB-6zlw:
SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human 40S ribosomal subunit
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-11288, PDB-6zm7:
SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human CCDC124-80S-EBP1 ribosome complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-11289, PDB-6zme:
SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human CCDC124-80S-eERF1 ribosome complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3 Å

EMDB-11292, PDB-6zmi:
SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human LYAR-80S ribosome complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-11299, PDB-6zmo:
SARS-CoV-2 Nsp1 bound to the human LYAR-80S-eEF1a ribosome complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-11301, PDB-6zmt:
SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a pre-40S-like ribosome complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3 Å

EMDB-11310, PDB-6zn5:
SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a pre-40S-like ribosome complex - state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-11325, PDB-6zon:
SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3 Å

EMDB-11335, PDB-6zp4:
SARS-CoV-2 Nsp1 bound to a human 43S preinitiation ribosome complex - state 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-ZN:
ZINC ION / 亜鉛

ChemComp-MG:
MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン / マグネシウム

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン二リン酸

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM / グアノシン三リン酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARSコロナウイルス2)
  • Human (ヒト)
  • 2019-nCoV (SARSコロナウイルス2)
キーワードBetacoronavirus / Binding Sites (結合部位) / COVID-19 (新型コロナウイルス感染症 (2019年)) / Coronavirus Infections / Cryoelectron Microscopy (低温電子顕微鏡法) / DDX58 protein, human / DEAD Box Protein 58 / Humans (ヒト) / Immune Evasion / Immunity, Innate (免疫 (医学)) / Interferon-beta / Models, Molecular (モデル) / NSP1 protein, SARS-CoV-2 / Pandemics / Pneumonia, Viral / Protein Binding (タンパク質) / Protein Biosynthesis (タンパク質生合成) / Protein Domains / Protein Interaction Domains and Motifs / Protein Structure, Secondary (タンパク質構造) / RNA, Messenger (リボ核酸) / Ribosome Subunits, Small, Eukaryotic (リボソーム) / SARS-CoV-2 (SARSコロナウイルス2) / Viral Nonstructural Proteins / VIRAL PROTEIN / Translational Inhibition / Human Ribosome (リボソーム)

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お知らせ

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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