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Structure paper

タイトルStructure of the RSC complex bound to the nucleosome.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 366, Issue 6467, Page 838-843, Year 2019
掲載日2019年11月15日
著者Youpi Ye / Hao Wu / Kangjing Chen / Cedric R Clapier / Naveen Verma / Wenhao Zhang / Haiteng Deng / Bradley R Cairns / Ning Gao / Zhucheng Chen /
PubMed 要旨The RSC complex remodels chromatin structure and regulates gene transcription. We used cryo-electron microscopy to determine the structure of yeast RSC bound to the nucleosome. RSC is delineated into ...The RSC complex remodels chromatin structure and regulates gene transcription. We used cryo-electron microscopy to determine the structure of yeast RSC bound to the nucleosome. RSC is delineated into the adenosine triphosphatase motor, the actin-related protein module, and the substrate recruitment module (SRM). RSC binds the nucleosome mainly through the motor, with the auxiliary subunit Sfh1 engaging the H2A-H2B acidic patch to enable nucleosome ejection. SRM is organized into three substrate-binding lobes poised to bind their respective nucleosomal epitopes. The relative orientations of the SRM and the motor on the nucleosome explain the directionality of DNA translocation and promoter nucleosome repositioning by RSC. Our findings shed light on RSC assembly and functionality, and they provide a framework to understand the mammalian homologs BAF/PBAF and the Sfh1 ortholog INI1/BAF47, which are frequently mutated in cancers.
リンクScience / PubMed:31672915
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 7.55 Å
構造データ

EMDB-0777, PDB-6kw3:
The ClassA RSC-Nucleosome Complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.13 Å

EMDB-0778, PDB-6kw4:
The ClassB RSC-Nucleosome Complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.55 Å

EMDB-9905, PDB-6k15:
RSC substrate-recruitment module
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

化合物

ChemComp-ZN:
ZINC ION / 亜鉛

由来
  • saccharomyces cerevisiae s288c (パン酵母)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • homo sapiens (ヒト)
  • Baker's yeast (パン酵母)
  • saccharomyces cerevisiae (strain atcc 204508 / s288c) (パン酵母)
キーワードActins / BANF1 protein, human / Cell Cycle Proteins (細胞周期) / Chromatin (クロマチン) / Chromosomal Proteins, Non-Histone (染色体) / Cryoelectron Microscopy (低温電子顕微鏡法) / DNA-Binding Proteins (DNA結合タンパク質) / Nucleosomes (ヌクレオソーム) / Protein Domains / RSC complex, S cerevisiae / SFH1 protein, S. cerevisiae / SMARCB1 Protein / SMARCB1 protein, human / Saccharomyces cerevisiae Proteins (出芽酵母) / Transcription Factors (転写因子) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / chromatin remodeler / SWI/SNF family / DNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

New: 新型コロナ情報

  • 新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: New: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語"EMD-"は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:PDBeのEMDBサイト / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。詳細は下記のリンクをご覧ください。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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2017年6月16日: Omokage検索で絞り込み

Omokage検索で絞り込み

  • Omokage検索の結果をキーワードとデータベースの種類で絞り込むことができるようになりました。

関連情報:Omokage検索

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